CodonW

CodonW codon və amin turşusu istifadə varyasyon təhlili (qiyabi təhlil) asanlaşdırmaq üçün nəzərdə bir proqramdır. O, həmçinin codon istifadə standart göstəriciləri hesablayır. Bu menyu və command-line interfeys vardır.
CodonW layihə Paul Keskin, Genetika Dept, Nottingham Universiteti laboratoriyasında John Peden tərəfindən yazılmışdır. John insan genetika işləyir və hazırda Oksford Universitetində WTCHG da ProCardis verilənlər bazası meneceri kimi çalışır.
Burada "CodonW" bəzi əsas xüsusiyyətləri aşağıdakılardır:
· ANSI uyğun C yazılı
· Menu idarə
· Command line variantları geniş sayı
· Genetik kodu müstəqil
Üzrə · No məhdudiyyətlər
Ardıcıllığı 1. sayı
2. ardıcıllığı uzunluğu
· Codon istifadə göstəriciləri hesaplar
1. CAI: Codon uyğunlaşma index
2. Fop: optimal codons tezliyi
3. Nc: codons səmərəli sayı
4. CBI: Codon Bias Index
· Amin turşusu göstəriciləri hesaplar
1. su hesab
2. Aromaticity
· Uyğunluğu təhlil hesablayır
1. Codon istifadə
2. RSCU (nisbi sinonimi codon istifadə)
3. Amin turşusu istifadə
· Yazışmalar təhlil
1. / daxildir codons / amin turşuları istisna edə bilər
2. istiqamətləri ətraflı hesabat yaratmaq bilər
3. cəhdləri avtomatik olaraq optimal codons müəyyən etmək üçün
4. əlavə məlumat verə bilər əlavə edir
5. istiqamətləri hər hansı bir sayı qeyd
· Gen parametrləri hesaplar
1. Gene uzunluğu
2. GC, GC3s və codon mövqeyi xüsusi G + C
3. Dinucleotide tərkibi (hər üç codon çərçivəsində)
4. Amin turşusu istifadə
5. nisbi amin turşusu istifadə
6. Codon istifadə
7. nisbi sinonimi codon istifadə
· Can konseptual protein ardıcıllığı tərcümə
· Ardıcıllıqla data reformats
İnsan və ya maşın oxunaqlı çıxış
· (Qorunması oxu çərçivəsində isə) gen concatenate Kompüter hesablamaq
1. Ümumi codon istifadə
2. GC məzmun
3. Dinucleotide tərkibi
· Codon masalar, amin turşusu, və ya RSCU istifadə yaradır
· Hətta genetik kodu öyrənmək kömək edə bilər.
· Və daha