edittag

edittag platforma xüsusi sequencing adapterləri və PCR astar üçün ardıcıllıqla tags redaktə metrik ardıcıllıqla tags dəstləri dizayn redaktə metrik üçün uyğunlaşdırılması üçün ardıcıllıqla tags yoxlanılması və inteqrasiya üçün bir proqram toplusudur. edittag digər yanaşmalar fərqlənir:
& Nbsp; * edittag multiprocessing istifadə ağlabatan müddət çərçivəsində edit-metrik ardıcıllıqla tags özbaşına uzunluğu yaradır
& Nbsp; * edittag redaktə metrik ardıcıllıqla tag dəstləri seçilmiş redaktə məsafə uyğun istehsal
& Nbsp; * edittag istifadə primer3 PCR astar üçün ardıcıllıqla tags inteqrasiya
Biz aşağıdakı formatlarda edittag istifadə nəzərdə redaktə metrik ardıcıllıqla tags bir neçə böyük dəstləri təmin edir:
& Nbsp; * Mətn - bu faylı check_levenshtien_distance.py üçün müvafiq format
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * SQLite bazası
Citation
Faircloth BC, Glenn TC. Edit-metrik ardıcıllığı müəyyən böyük dəstləri
kütləvi deyilir tags genişmiqyaslı multiplexing asanlaşdırmaq üçün
paralel sequencing. doi_
Quraşdırma:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
python bərpa setup.py
depo
git klon git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
isteğe paketi (py-Levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python bərpa setup.py
isteğe paketi (primer3)
Siz redaktə metrik ardıcıllıqla tags daxil astar dizayn istəyirsinizsə, ilk primer3 bir redaktə versiyası yüklemek üçün lazımdır:
git klon git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
etmək
bərpa etmək
Sizin yolunda bir yerə mod-primer3 dən binaries hərəkət əmin olun (ən azı primer3 uzun hərəkət və yol eyni dizine primer3_config). Daha sonra çalıştırabilirsiniz

tələblər

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-primer3