goby

xulu ikili faylların oxumaq üçün Python API Goby növbəti-gen data idarə çərçivəsində istifadə yaradılmışdır.
Adətən, bu directory tam Goby paketinin bir hissəsi, mövcud kimi gəlir:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
tam paketi Java mənbə kodu daxildir. Siz PyPI və ya digər Python xüsusi mənbədən bu paketi nazil edin, Siz kodu yalnız Python hissəsi qəbul ola bilər.
Development Xəbərdarlıq
Goby Python kitabxana Java həyata keçirilməsi kimi yetkin deyil. Daha çox arabası ola bilər və Java versiyası aşkar xüsusiyyətləri tam dəsti təmin etmək üçün nəzərdə tutulmayıb.
Quraşdırma:
& Nbsp; 1. Siz Python 2.5 və ya daha yeni əmin olun. Şübhə varsa, run:
python-V
& Nbsp; 2. Download və şərt python paketləri bərpa edin:
& Nbsp; 1. Protokol Buferlər
& Nbsp; http://code.google.com/p/protobuf/ və ya PyPI mövcuddur
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - java.util.Properties üçün Python əvəz
& Nbsp; http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties mövcuddur
& Nbsp; 3. Goby paketi bərpa edin:
python bərpa setup.py
& Nbsp; Bu addım superuser güzəştlər tələb edə bilər.
istifadə:
Məsələn scripts Python Goby faylları tərkibə daxil olmaq üçün necə nümayiş verilir.
& Nbsp; * Burada Goby alignment fayl scan üçün necə:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Files basename.entries və basename.header çıxmaq lazımdır.)
& Nbsp; * Növbəti komanda mətn kimi bir qruplaşma fayl məzmunu çap edəcək:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Bir yığcam çevirmək növbəti komanda Fasta formatında fayl deyilir:
GobyCompactToFasta.py file.compact oxuyur
& Nbsp; * Bir yığcam məzmunu haqqında statistika çap növbəti komanda fayl deyilir:
GobyReadsStats.py file.compact oxuyur

tələblər

• Python