Thoughts ondersteunt het bewaren van boeken in zijn eigen bestandsformaat. Het Thoughts bestandsformaat heeft als achtervoegsel ".thoughts".
Thoughts ondersteunt tevens de volgende bestandstypen bij het exporteren van enkele pagina's:
• RTF (Rich Text Format), ondersteunt web links en opmaak. Interne koppelingen naar ander pagina's zullen verloren gaan. RTF bestanden kunnen worden geopend in de meeste tekstverwerkers zoals TextEdit, Apple Pages en Microsoft Word. Als de pagina een afbeelding bevat, wordt automatisch het RTFD format gebruikt. Dit kan geopend worden met TextEdit en andere Macintosh programma's.
• PDF (Portable Document Format), ondersteunt alle opmaak en inline elementen (zoals afbeeldingen). Interne koppelingen naar andere pagina's zullen verloren gaan. Het bestand kan worden bekeken in elke PDF lees applicatie zoalslike Apple Voorvertonen, Adobe Reader, en elke webbrowser met een PDF plugin zoals Safari.
• DOC (Microsoft Word 97 File Format), ondersteunt alle opmaak en inline elementen (zoals afbeeldingen). Interne koppelingen naar andere pagina's zullen verloren gaan. Het bestand kan worden geopend en bewerkt in Microsoft Word 97 of nieuwer, Apple Pages, Open Office.org en andere tekstverwerkers.
• DOCX (Microsoft Word 2007 File Format, OOXML), ondersteunt alle opmaak en inline elementen (zoals afbeeldingen). Interne koppelingen naar andere pagina's zullen verloren gaan. Het bestand kan worden geopend en bewerkt in Microsoft Word 97 of nieuwer en Apple Pages.
• ODT (Open Document Text), ondersteunt alle opmaak en inline elementen (zoals afbeeldingen). Interne koppelingen naar andere pagina's zullen verloren gaan. Dit is het standaard dokument opmaak formaat en kan daarom door de meeste tekstverwerkers zoals OpenOffice, KOffice, Microsoft Word 2007 SP2, Apple Pages en TextEdit geopend en bewerkt worden.