STEME

STEME Layihə meme kimi motivi finders istifadə model növü üçün Proqnoz-Maximisation alqoritmi bir yaxınlaşmada kimi həyat başladı.
STEME & rsquo; s EM uyğunlaşdırılması bal gücündə bir sifariş daha tez tipik parametri ayarları üçün MEME həyata çalışır. STEME artıq öz-özlüyündə tam hüquqlu motif finder çevrilmişdir.
STEME istifadə Niyə?
Kanıtlanmış motif tapmaq texnika
STEME test cəhd və MEME alqoritm əsaslanır. MEME ən yetkin və məşhur motivi finders biridir. . Bu Tompa et al üst ifaçılarından biri & rsquo idi motif finders nin benchmark müqayisədə.
Böyük data dəstləri üçün nəzərdə tutulmuşdur
STEME adətən müasir bioloji təcrübələr tərəfindən böyük data dəstləri növü istifadə üçün nəzərdə tutulmuşdur. STEME megabases onlarla giriş test edilmişdir, lakin bu böyük data dəstləri istifadə edilə bilməz niyə heç bir səbəb yoxdur.
Sürətli
STEME sürətli edir. Adətən motif tapdısa daxil ölçüsü ilə tez artır ki, bir uzunluğu var. STEME & rsquo görə; nin şəkilçi ağac istifadə bu problem əziyyət deyil. STEME istifadəçi nəticələri gözləmək hazırlanan necə uzun nəzarət ki, uzunluğu nəzarət variantları təmin edir.
Flexible motif modellər
Bir çox motivi finders (xüsusilə sürətli enumerative motif finders) məcburi saytlar modelləri kimi konsensus ardıcıllığı istifadə edin. Bu istifadə STEME və PWMs kimi motivləri eyni sıra tuta PWMs kimi çevik deyil.
Asan istifadə etmək
STEME Meme & rsquo çıxış istehsal, s də müəyyən format aşağı alətlər istifadə etmək asan. STEME & rsquo; s çıxış MEME, BioPython və BioPerl olan alətləri ilə test edilmişdir.
Accurate əhəmiyyəti hesablamalar
STEME & rsquo; s əhəmiyyəti hesablamalar nəzərə böyük data dəstləri ilə nəzərdə tutulmuşdur. Böyük data dəstləri üçün yazılı deyil Motif finders tez-tez pis tapa motivləri əhəmiyyətini hesabda yanılmaq bilər. Bu istifadəçi müəyyən etmək üçün xüsusilə məkrli problem və çətindir.
Bir web xidmət kimi Available
STEME maşın yerli yüklü edilə bilər və ya server web basdırmaq bilər.
Paket Documentation

tələblər

• Python