MetagenomeDB

. Bir MongoDB bazası üst bir abstraksiya qat kimi MetagenomeDB akt

MetagenomeDB asanlıqla & nbsp saxlamaq almaq və metagenomic ardıcıllığı annotasiya yazmaq üçün nəzərdə tutulmuşdur bir Python kitabxana var. Bu obyektlərin, yəni ardıcıllığı və kolleksiyaları iki növ yaratmaq və dəyişdirmək və qoşulmaq üçün bir API təmin edir:
& Nbsp; * ardıcıllığı (Seri sinif) ola bilər deyilir contigs, PCR clones, və s.
& Nbsp; * (Collection sinif) ardıcıllığı dəstləri təmsil kolleksiyaları; məsələn, bir nümunə sıralama nəticəsində oxunur, contigs deyilir bir sıra PCR kitabxana yığılmış
Hər hansı bir obyekt bir lüğət kimi sintaksis istifadə not ola bilər:
# Birinci, biz kitabxana idxal
MDB kimi idxal MetagenomeDB
# Onda biz iki yeni Sequence obyekt yaratmaq
# (Məcburi) xassələri, adı "və" ardıcıllıqla "
s = mdb.Sequence ({"adı": "Mənim sequence", "sequence": "atgc"})
# Obyekt artıq not ola bilər
Print s ["uzunluğu"]
s ["növü"] = "oxumaq"
# Bir dəfə redaktə obyekt törədilmiş lazımdır
Dəyişiklik qalmaq üçün bazasında #
s.commit ()
Növü ardıcıllıqla və ya Collection obyektləri müxtəlif metagenomic Kümeleri təmsil etmək üçün bir-birinə bağlı ola bilər. Daxildir, lakin məhdudlaşmır:
& Nbsp; * Bir sequencing run nəticəsində deyilir toplusu (çox Seri arasında əlaqələr obyektlərin və bir Collection)
& Nbsp; * bir sıra toplaşmaq nəticəsində Contigs set deyilir (iki Kolleksiya obyektlər arasında əlaqələr)
& Nbsp; * Bir Contig hissəsi var ki, deyilir (çox Seri arasında əlaqələr obyektlərin və bir Sequence)
& Nbsp; * Digər ardıcıllıqla oxşar ardıcıllıqla (iki Seri arasında əlaqələr obyektləri)
& Nbsp; (iki Kolleksiya obyektlər arasında əlaqələr) böyük kolleksiyası hissəsidir * kolleksiya
Nəticədə xüsusi metodlardan istifadə edərək tədqiq edilə bilər ardıcıllığı və toplanması bir şəbəkə edir; IEG, Collection.list_sequences () Sequence.list_collections () Sequence.list_related_sequences (). Bu üsulları hər biri MongoDB querying sintaksis istifadə etmiş filtreler üçün imkan verir:
# Siyahısı type 'collection_of_reads "bütün kolleksiyaları
# Ardıcıllıqla 'nin' aid
kolleksiyalar = s.list_collections ({"növü": "collection_of_reads"})
# Siyahısı da bu kolleksiyaları aid olan bütün ardıcıllığı
Ən azı 50 bp uzunluğu #
kolleksiyalarda c üçün:
& Nbsp; print c.list_sequences ({"uzunluğu": {"$ gt" 50}})
MetagenomeDB də nukleotid ardıcıllığı idxal command-line alətləri, protein ardıcıllığı, partlayış və FASTA alignment alqoritmlər çıxış və ACE montaj faylları təmin edir. . Digər alətlər əlavə və ya aradan qaldırılması çox obyektlərin və ya onların annotasiya yazmaq üçün verilir

tələblər

• Python