SSuMMo

.

SSuMMo cinsə mənsub ardıcıllığı təyin etmək HMMER istifadə edərək ətrafında iteratively nəzərdə funksiyaları & nbsp bir kitabxana, nəticələri göstərir ki icma daxilində növ / növlü bölüşdürülməsi göstərən yüksək not ağacları var.
Mənbə kodu ilə daxil Programs alətləri daxildir: -
- Gizli Markov modelləri bir hiyerarşik bazası yaradın - dictify.py;
- Tanınmış taksonomik adları ardıcıllığı ayrılması - SSUMMO.py;
- Simpson, Shannon və digər üsulları rankAbundance.py istifadə edərək, bioloji müxtəlifliyin təhlili;
- Asanlıqla Kümeleri cross-müqayisə etmək ayrı bir qabiliyyəti ilə cladograms kimi nəticələri görüntüləmək - comparative_results.py
- Phyloxml formatında nəticələri çevirmək: dict_to_phyloxml.py;
- Build html nümayəndəliyi - dict_to_html.py.
- Sahəsi seyrəkləndirmə əyriləri və biomüxtəlifliyin göstəriciləri müvafiq hesablamaq
Python mənbə kodu google kodunu, burada verilir. HMMs bir prebuilt hiyerarşik verilənlər bazası, eləcə də (hər takson sıralarında deductor üçün istifadə olunur) optimize SQL sistematika bazası yükləyə bilərsiniz: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Məlumat yüklemek üçün README baxın. Istifadə məlumat üçün wiki (yuxarıda) var, və ilkin User Manual svn magistral əlavə edildi

tələblər .

• Python