tapir

tapir proqramları qiymətləndirmək və böyük Kümeleri üçün phylogenetic məlumatlılıq sahəsi olan bir Python vasitədir.
istinad tapir
Tapir istifadə edərkən, istinad edin:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapir filogenetik məlumatlılıq yüksək ötürücülük təhlili imkan verir.
- Townsend JP: filogenetik məlumatlılıq profilinin. Sistematik Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: Hyphy: istifadə filogeniyasının test fərziyyə. Bioinformatika 2005, 21: 676-679.
Quraşdırma
Bu an üçün, proqram yüklemek üçün en asan yoludur:
git klon git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / path / üçün / tapir
Test run üçün:
cd / path / üçün / tapir /
python test / test_townsend_code.py
İstifadə
estimate_p_i.py kodu şablonları / olan Hyphy üçün bir toplu fayl çağırır. Bu fayl estimate_p_i.py qoymaq harada eyni mövqeyi nisbətən olmalıdır. Siz yuxarıda lesitinlər yüklerseniz, bu an üçün, gözəl olacaq.
Çalıştırmak üçün:
cd / path / üçün / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - çıxış Output_Directory
& Nbsp; - dövrlərin = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - dəfə = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing olmadan, hər mahal ardıcıl davam edəcək, isteğe bağlıdır.
Əgər siz artıq çıxış qovluğunda yuxarıda qeyd nəticələr run əgər yenidən həmin qiymətləndirilməsi çox pre-mövcud site dərəcəli qeydlər daha istifadə edə bilərsiniz (aşağıda bax)
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - çıxış Output_Directory
& Nbsp; - dövrlərin = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - dəfə = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - site-dərəcələri
Nəticələr
tapir seçdiyiniz çıxış kataloq bir SQLite bazasında nəticələri yazır. Bu kataloq da tapir_compute.py keçib hər mahal üçün JSON formatda site nisbəti faylları keçirir.
Siz aşağıdakı kimi bazasında nəticələri əldə edə bilərsiniz. Hiylələri, o cümlədən daha nümunələri üçün, sənədlər görmək
- SQLite gic:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / filogenetik-informativeness.sqlite
- Bütün dövrlərin üçün ayrılmaz məlumat almaq:
& Nbsp; seçin xəbərlər, interval, loci olan pi, interval olduğu loci.id = interval.id
- Xüsusi dövr üçün ayrılmaz məlumat almaq:
& Nbsp; seçin xəbərlər, interval, loci olan pi, interval
& Nbsp; burada interval = '95 -105 və loci.id = interval.id;
- Müxtəlif dövrlərin də yerli olan max (PI) count almaq:
& Nbsp; seçin id müvəqqəti masa max yaratmaq, max id tərəfindən interval qrup max kimi (pi)
& Nbsp; seçin interval.id, interval, intervaldan max, max müvəqqəti masa t yaratmaq
& Nbsp; burada interval.pi = max.max;
& Nbsp; interval t qrup saymaq (*), interval seçin;
Təşəkkürlər
Biz onların web-proqram mənbə kodu surəti bizə təmin etmək üçün Francesc Lopez-Giraldez və Jeffrey Townsend təşəkkür edirəm. . BCF thanks S Hubbell və P Gowaty

tələblər

• Python
• SciPy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (yükləyə və ya bir-yivli hyphy2 qurmaq edin)