picme

Software screenshot:
picme
Software ətraflı:
Version: 1.0
Tarixi Upload: 11 May 15
Lisenziya: Pulsuz
Məşhurluq: 69

Rating: 4.0/5 (Total Votes: 1)

picme proqramları qiymətləndirmək və böyük Kümeleri üçün phylogenetic məlumatlılıq sahəsi olan bir Python paketidir.
Quraşdırma
Bu an üçün, proqram yüklemek üçün en asan yoludur:
git klon git: //github.com/faircloth-lab/picme.git / path / üçün / picme
Test run üçün:
cd / path / üçün / picme /
python test / test_townsend_code.py
İstifadə
estimate_p_i.py kodu şablonları / olan Hyphy üçün bir toplu fayl çağırır. Bu fayl estimate_p_i.py qoymaq harada eyni mövqeyi nisbətən olmalıdır. Siz yuxarıda lesitinlər yüklerseniz, bu an üçün, gözəl olacaq.
Çalıştırmak üçün:
cd / path / üçün / picme /
python picme_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - çıxış Output_Directory
& Nbsp; - dövrlərin = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - dəfə = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing olmadan, hər mahal ardıcıl davam edəcək, isteğe bağlıdır.
Əgər siz artıq çıxış qovluğunda yuxarıda qeyd nəticələr run əgər yenidən həmin qiymətləndirilməsi çox pre-mövcud site dərəcəli qeydlər daha istifadə edə bilərsiniz (aşağıda bax)
python picme_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - çıxış Output_Directory
& Nbsp; - dövrlərin = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - dəfə = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - site-dərəcələri
Nəticələr
picme seçdiyiniz çıxış kataloq bir SQLite bazasında nəticələri yazır. Bu kataloq da picme_compute.py keçib hər mahal üçün JSON formatda site nisbəti faylları keçirir.
Siz aşağıdakı kimi bazasında nəticələri əldə edə bilərsiniz. Hiylələri, o cümlədən daha nümunələri üçün, sənədlər görmək
- SQLite gic:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / filogenetik-informativeness.sqlite
- Bütün dövrlərin üçün ayrılmaz məlumat almaq:
& Nbsp; seçin xəbərlər, interval, loci olan pi, interval olduğu loci.id = interval.id
- Xüsusi dövr üçün ayrılmaz məlumat almaq:
& Nbsp; seçin xəbərlər, interval, loci olan pi, interval
& Nbsp; burada interval = '95 -105 və loci.id = interval.id;
- Müxtəlif dövrlərin də yerli olan max (PI) count almaq:
& Nbsp; seçin id müvəqqəti masa max yaratmaq, max id tərəfindən interval qrup max kimi (pi)
& Nbsp; seçin interval.id, interval, intervaldan max, max müvəqqəti masa t yaratmaq
& Nbsp; burada interval.pi = max.max;
& Nbsp; interval t qrup saymaq (*), interval seçin;
istinad picme
Picme istifadə edərkən, istinad edin:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: picme filogenetik məlumatlılıq yüksək ötürücülük təhlili imkan verir.
- Townsend JP: filogenetik məlumatlılıq profilinin. Sistematik Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: Hyphy: istifadə filogeniyasının test fərziyyə. Bioinformatika 2005, 21. 676-679

tələblər

  • Python
  • hyphy2
  • NumPy
  • SciPy
  • DendroPy

Oxşar proqram

AHREA
AHREA

11 May 15

Syntainia
Syntainia

11 May 15

misopy
misopy

20 Feb 15

Geliştirici digər proqram Brant Faircloth, Jonathan Chang and Mi...

tapir
tapir

11 May 15

Şərh picme

Şərhlər tapılmadı
Şərh əlavə
Images yandırın!