Marvin

Marvin layihəsi rəsm tapılanlar və kimyəvi strukturları, xiyabanların və reaksiyalar xarakterizə Java alətlər bir kolleksiya təqdim edir.
Marvin asanlıqla masa üstü yüklü və sorunsuz öz Application Programming Interface (API) vasitəsilə web pages və üçüncü tərəfin proqramları inteqrasiya edilə bilər.
Marvin ailə aşağıdakı alətlər ibarətdir:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Kiçik və ya Fasulye?
Marvin istifadə asılı olaraq iki paketləri mövcuddur:
* Web geliştirici üçün Marvin applications
* Aptek masa üstü və proqram geliştirici üçün Marvin Fasulye.
Marvin applications ən çox brauzerlərdə (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, və s.) Onlar JavaScript / erişim təklif və kiçik parametrləri ilə özelleştirilebilir uyğun kimyəvi web pages tikinti üçün alətlər var.
Marvin Beans hər hansı bir Java proqram Marvin imkanları inteqrasiya asanlıqla quraşdırılan masa üstü üçün ərizə və alətlər var

Bu azad yeni nədir.

• MarvinSketch:

Chemicalize.org da
• Dövlət bazası axtarış.
• imkanı MarvinSketch da ligand sırasını dəyişmək üçün.
• Dumana qarşı təsiri müxtəlif yollarla nəzarət edə bilər:
• avtomatik dumana qarşı təsiri söndürmək üçün dumana qarşı təsiri gücü və bir onay qurmaq üçün Sketch / View GUI Preferences informasiya göstər nişanı bir kaydırıcıyı var.
• Applet və lobya parametrləri təqdim olunur: fogFactor, automaticFogEnabled. (Forum mövzu).
• bir qrup əlavə nöqtəsinə əlavə avtomatik olaraq artıq Sgroup ungroup deyil.
• S-qrup tərkibinin müəyyənləşdirilməsi. Çox və ümumi S-qruplar Mötərizədə keçən istiqrazlar arasında bütün subgraph ehtiva var
• S-qrup məzmun Update bracket mövqeləri dəyişdirmək əgər: Mötərizədə və ya struktur və ya köçürülüb
.
• S qrup daxilolma və üst-üstə düşür molekul ardıcıllıq çekləri ilə yoxlanılır.

Idxal SMARTS
• ikiqat bond (forum mövzu) ilə alifatik birləşmələr dəstəkləyir.
• idxal / ixrac allenes dəstəkləyir Smiles.

(; Dekstrometorfan hydrobromide & quot; məsələn & quot)
• daha böyük bir mürəkkəb daxili fraqmentləri üçün ənənəvi ad yaradın.
• CAS sayı dönüşüm üçün Support.
• DocumentExtractor (itkin vergülləri, misrecognized mötərizə növü, əlavə fəzalarında, ...) Təkmilləşdirilmiş OCR səhv korreksiyası.
• PDF sənədlər Document Extractor artıq Xit səhifə sayı verir.
• strukturu adı-to və adı-to-strukturunda ümumi adları üçün təkmilləşdirilmiş dəstəyi. adı idxal üçün ümumi dəstək ümumi ətrafında 5% və sistemli adları üçün 10% artıb. Dönüşüm sürəti təxminən 20% artıb.

Windows üçün
• JChem və Marvin Fasulye yükleyicilerinde də cygwin üçün shell script çıxarış.
• Bemis-Murcko çərçivəsində exocycyclic qrupları Qoruğu.
• Halogen yoxlama zamanı bir çox əlaqə ola bilər.
• Aromatik istiqrazlar homologiya əmlak yoxlanılması üçün ikiqat istiqrazların sayı hesablanması zamanı nəzərə alınır.
• Lasso seçimi rejimi MSketchPane (forum mövzu) default olmaq üçün müəyyən edilə bilər.
• Yeni funksiyası, isChiral TopologyAnalyzer əlavə edilmişdir.
• Yeni Chmical şərtləri funksiyaları: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Bugfixes:

Bir qrup yaratmaq graph invariant dəyişiklik sayı (forum mövzu) artırmaq deyil, çünki
• Ad qutusu qrup yaradılması sonra yenilənir deyil.
• MarvinSketch proqram anlamaq & quot etməyib - {name} & quot; command line parametri.
• zaman Struktur & gt; Online menyu strukturu tap Linux altında çağırıldığı, u mənim brauzerinizin nəticə (forum mövzu) keçirmək üçün təsbit edilə bilmədi.

Onun sıkıştırılmamış versiyası keş əgər
• java cache isotopes.data fayl yüklənməsi uğursuz (yəni uncompression server tərəfindən avtomatik olaraq deyil, Marvin əgər). Forum mövzu, sənədlər.
• Qrafik obyektlərin Həndəsə Plugin nəticə pəncərə göstərilir deyil.

Elektron axını arrow On
• işıqlandırılması üçün mavi qutusu (forum mövzu) buraxılmış.
• anlayışlar silindi əgər liqand üçün körpü nümayiş deyil, hətta əgər & quot; Always & quot; ekran seçimi quot & üçün təyin edilmişdir; liqand Sərəncamlar & quot; arzularım dialoq.
• multicenter atom Index bir R-qrup bağlı əgər MDL Mol formatında ixrac sonrası Pornoqrafiya oldu.
• Arrow Viza ərizə idxal / ixrac (forum mövzu) zamanı zədələnmiş düzbucaqlı vurulmuş.
• 1-məktub peptid idxalı bir histidine (forum mövzu) uğursuz.
• Örtük hydrogens SKC idxal itkin düşüb.
• MolAtom bir Null əmlak dəyəri ixrac deyil / MRV formatında idxal.

Müəyyən smarts idxal etməklə
• səhv bond növü əvəzinə bir və ya aromatik istiqrazın müəyyən edilmişdir.

ChemDraw tərtib CDX faylları idxal
• Bəzi mötərizədə yanlış istiqamətdə nümayiş etdirilmişdir.

.
• ixrac SMARTS: aromatik halqa 1-atom bir bond qonşu əvəzinə vahid / aromatik
vahid bağı kimi ixrac edilib
• SMARTS formatında link node və R-qrupları ilə sorğu İhracat yanlış idi.
• H atom user SMARTS ifadələri birmənalı idi.
• Mol fayl əlavə etmək sahəsində idxal bilmədi.
• müəyyən smiles İthalat səhv (forum mövzu) idi.
• şablon bir üzük (və ya ring sistemi) bir hissəsi kimi hədəf yerləşdirilə bilər bir zəncir hissəsi biz şablon bir hissəsi məhəl qoymamaq lazımdır varsa.
• Clean3D Gözəl Hydrogenize seçim avtomatik S-qruplar ungroup vermədi (forum mövzu).
• Molecule.contractSgroups () molekul koordinatları (forum mövzu).
messed
• Explicit hydrogens düzgün Cis / Trans stereokimyası hesablanması nəzərə alınmır.
• Tautomer generator bəzi hallarda ArrayIndexOutOfBoundsException atdı.
• EMBRİOLOGİYA yoxlama bəzi VMN giriş üçün ziddiyyətli molekulları istehsal.
• Yanlış pulsuz CovalentCounterion fiksator tətbiq sonra saymaq.
• StructureChecker command line log output format sehrbazdır çıxış format fərqlənirdi.
• ChiralFlagErrorChecker düzgün chirality idarə etməyib. Əvəzində paritet məlumatlar chirality hesablanması, bu TopologyAnalyser of isChiral metodu əsasında həyata keçirilməsini istifadə olunur.

yanlış elektron axını oxlar versiyası 5.4.0.1:

• Highlighting yeni edilib nədir olduqda bazası və ya son nöqtəsi bond (forum mövzu) idi.
• Serialized menyu konfiqurasiya tutmadı.
• multicenter atom index səhv R-qrup multicenter atom (mövqe variasiya istiqrazları) bağlı idi strukturlarının halda MDL MolFile ixrac zamanı yaradılmışdır.
• Örtük hydrogens ISIS / Symyx Sketch fayl formatı (SKC formatında) strukturların idxal və ya yapışdırıb sonra atomları itkin düşüb.
• ChemDraw köhnə versiyaları ixrac dönmüş qrafik obyektlərin, o cümlədən CDX faylları idxal edilə bilməz.
• Tautomer hesablanması
• Generic tautomer bəzi hallarda kifayət qədər unikal deyil. Fix görə, ümumi tautomer aromatik forması təmin edilir.
• Canoncical tautomer hesablanması səbəbiylə dearomatization bir düzeltmek üçün yaxşılaşdırılmışdır.

Paz bağı ilə bağlı açıq hydrogens ilə
• Bəzi strukturlar ümumi tautomerization zamanı istisna verdi.
• Volume hesablanması cxcalc itkin idi.
• Struktur Checker əvəzinə yanlış konfiqurasiya faylını məhəl NullPointerException atdı.

version 5.1.03.2:

• IUPAC adı idxal yeni nədir: strukturlarına IUPAC adları konvertasiya.
• OLE 2 dəstək:. MarvinSketch MS office sənədlər daxil obyektlərin sovuşdurmaq təkmilləşdirilmiş dəstək
• Kimyəvi şərtləri:. Command line, API Marvin mövcuddur və (kiçik) və Java yazıları istifadə edilə bilər
• MarvinSketch və MarvinView başlatma başlanğıc, bağımsız versiyası, həm də Sürətli və digər proqramları həyata komponenti kimi.

tələblər

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment