relax

istirahət üzvi molekullar, RNT, zülallar, şəkər, DNT, və bir çox digər biomolecules dəstək eksperimental NMR məlumatları analiz edərək molekulyar dinamikası öyrənilməsi üçün nəzərdə tutulmuşdur bir açıq mənbə və sərbəst paylanmış proqram layihədir.

istirahət bir neçə NMR nəzəriyyələr dəstəkləyir modul komponentləri müxtəlif analiz alətləri həyata keçirir və bu Dasha və Modelfree kimi digər proqramları ilə interface bilər. Bundan əlavə, digər proqramları ilə qarşılıqlı, eləcə də, NMR nəzəriyyələr geniş dəstəkləyir bir neçə analiz alətləri özündə birləşdirir istifadəçilər data görüntüləmək imkanı verir.

Bu proqram bir CLI (Command-line Interface) və GUI (qrafik istifadəçi interfeys) ön sonunda bir neçə üçüncü qrafik istifadəçi interfeys (GUIs), həm də gəlir ki, baxmayaraq, istirahət üçün mövcuddur.

analizlərin dəstəyi növləri arasında, istirahət dispersiya, çox sahədə NMR ardıcıllıq test (Nüvə maqnit rezonansı) istirahət data N-dövlət modeli və çərçivə üçün, model-free təhlili, R1 və R2, NOE, RSDM idarə edə bilərsiniz istirahət stereokimyası araşdırmalar, habelə (spektral sıxlığı Xəritəçəkmə HE).

analiz prosesinin avtomatlaşdırılması üçün, bu bloklar istifadə edərək çox mürəkkəb scripts yaratmaq mümkündür. Bunun üçün, developers siz script tikinti anlamaq üçün kömək edəcək və daha asanlıqla öz yaratmaq üçün müxtəlif nümunə scripts təmin edir.

başlıq altında Axtarıram, biz proqram Python proqramlaşdırma dili tamamilə yazılı və bu Linux, Microsoft Windows və Mac OS X çalışır deməkdir onun qrafik istifadəçi interfeysi üçün cross-platform Qt GUI Toolbar istifadə edir ki, qeyd edə bilər əməliyyat sistemləri.

Bu proqram həm də 32-bit (x86) və 64-bit (x86_64) təlimat set memar, eləcə də mənbəyi tarball dəstəkləyən çox GNU / Linux əməliyyat sistemi üçün ikili arxiv, kimi download üçün mövcuddur.

Bu azad yeni nədir:

• Features:

istirahət dərslik HTML versiyası tərtibi üçün
• Bir çox irəliləyişlər.
• numpy & ge bütün FutureWarnings aradan qaldırılması üçün istirahət Yenilənib; 1.9, gələcək sübut qarşıdakı numpy davranış dəyişikliklərinə qarşı istirahət.
• relax_disp.r2eff_read istifadəçi funksiyası ilə təkrar R2, eff data xal idarə etmək bacarığı, lakin təkrar nöqtəsi üçün tezlik dəyəri 0.001 əlavə.
• bir modeldir nəticələri fayl yükləmə və istirahət data hesablanması geri üçün yeni nümunə script.
• PDB struktur məlumatların user üçün təkmilləşdirilməsi.
• strukturlarının bir ansamblının prinsipi komponent təhlil (TƏS) həyata keçirilməsi üçün structure.pca istifadəçi funksiyası həyata keçirilməsi.
• Google Cloud Computing infrastruktur sürətli yerləşdirilməsi üçün bir script əlavə.
• Bu dəyişiklikləri:
• dərslik sərt çərçivə order model 2-ci dərəcə çərçivəsində order matrix üçün Fix. yanlış simvolu istifadə olunur.
• lateks dərslik newparagraph və newsubparagraph anlayışlar silindi. Bu tərtib olan dərslik HTML versiyası qarşısının alınması, latex2html ilə toqquşmasına səbəb idi. Bu anlayışlar dərslik sectioning cari set up lazımsız edir.
• dərslik yeni çərçivə modelləri fəsildə qısa mövzular Modified. Runa a> ž xarakter Daeg tərəfindən sadəcə əvəz edilmişdir. Bu tərtib olan HTML dərslik qarşısını alır latex2html ilə pozuntuların ilə bağlıdır.
• lateks manual giriş bir sabit eni masa sütun müəyyən Removal. müəyyən fasilələr uyğunluğu latex2html Bu mahiyyətcə randomizə etmək üçün HTML images nəticələnən rəqəm nömrələmə bir korrupsiya səbəb tələb olunur.
• HTML dərslik imkan Vurğu paketi Removal tərtib olunacaq. asan fix paketi aradan qaldırılması üçün belə Vurğu lateks paketi, latex2html ilə uyğun deyil.
• El çərçivəsində order matrix element latex2html uyğunluğu üçün dərslik rəqəmlər, EPS qayıdacaqdır. '90 Qayıt 'əmri silinmişdir və bounding qutusu b c d permuted - & gt; b c d -a. latex2html bu tanımır Bu, includegraphics bucaq dəlil {} əmr düşdü imkan verir. Bu rəqəmlər dərslik HTML versiyası görünən olmaq üçün imkan verir.
• latex2html uyğunluğu üçün dərslik çərçivəsində order parametr yuva masa yenidən. masa istifadə olunmur, hətta, latex2html üçün ölümcül tikz paketi istifadə edir. Buna görə də docs / lateks / frame_order / parameter_nesting.tex fayl masa tikz biçimlendirilmiş masa əkin PostScript versiyasını yaratmaq bağımsız bir LaTeX sənəd çevrilmişdir. A yığma script həmçinin əlavə edilmişdir. Çıxan * .PS fayl indi PCS ədədi inteqrasiya hissəsində daha çox tikz masa yaratmaq bu bölmə daxil edilir. Bütün tikz giriş mətn run latex2html imkan qaldırıldı.
• latex2html allrunes paketi və ya bağlı font idarə edə olmayan üçün çözüm. giriş htmlonly mühitdə, frame sifariş rəmzləri mətn 'Daeg' yerinə Runa xarakter> Z istifadə yenidən olunur.
• dərslik ərzində alt və superscripts üçün giderir. bütün sub və superscripted textrm {} hallarda ətrafında bu tətbiq {}. Bu itkin bracket problem yol kimi dərslik PDF versiyası üçün lazım, lakin bu, düzgün notation tələb latex2html tərəfindən tərtib dərslik, HTML versiyası təsir deyil. giderir yeni çərçivə order fəsil, eləcə də istirahət dispersiya fəsil üçün var.

üçün
• Editing və giderir DƏYİŞİKLİKLƏR fayl 4.0.0 hissəsini istirahət.
• Yenilənib və azad istirahət siyahısı sənəd wiki təlimat yaxşılaşmışdır.
• azad siyahısı sənəd ölü bağlantıları yoxlanılması haqqında daha bir wiki təlimat.

azad siyahısı sənədin "elan" bölməsində
• Daha çox kiçik dəyişikliklər.
• dərslik lateks faylları təqlid adları tapmaq üçün shell script yeniləndi.
• bir Python script shell script tapmaq dublikat adı çevrilmişdir. Python script daha inkişaf etmiş və təkrar adları və onların sayı bir masa istehsal fərqli bir məntiq istifadə edir. izleyerek mövcud zaman script də uğursuz çıxış statusu qaytarır.
• sinfi strukturu istifadə Python script tapmaq təkrar adı çevrilmişdir. Bu script bir modul kimi idxal imkan verir. kopya tapmaq bir tapmaq () class metodu daxil keçdikdə edilmişdir.
• script tapmaq kopya adı Renamed.
• shell script tapmaq dublikat lateks adı silindi. Bu artıq daha inkişaf etmiş Python script tərəfindən idarə olunur.
• PDF və HTML dərsliklərin Scons yığma indi təkrar adları üçün yoxlayır. Yeni replicate_title_check hədəf scons scripts əlavə edilmişdir. Bu hər hansı bir adları təkrar əgər müəyyən etmək üçün kopya LaTeX adı tapmaq script tap pulsuz () metodu çağırır və belə scons bir sys.exit (1) çağırış ilə yekunları hədəf əgər. Bu hədəf user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons hədəfləri əvvəlində müəyyən edilir. nəticə kopya adları varsa manual adları dəyişdirilə məcbur tərtib edilə bilməz ki. nəticə HTML pages bütün yalnız bir HTML səhifə bütün təbəqələri üçün yaradılır təkrar adları nəticəsində, unikal olacaq ki, olacaq.
• lateks mənbələrdə təkrar adları aradan qaldırılması yeni çərçivə order fəsildən təqdim edir.
• dərslik lateks mənbələrində köhnə təkrar adı Removal. Bu optimallaşdırma fəsil üçün dəyərlər, künclərinə və Hessians model pulsuz təhlil bölmə, eləcə də bütün xüsusi analiz fəsil üçün istifadə olunur title 'Model pulsuz təhlili "deməkdir.
• giderir və replicate_title_check scons hədəf üçün təkmilləşdirilmiş çıktıların.
• numpy Python paketi meydana gələn gələcək dəyişikliklər qarşı qorumaq üçün istirahət bütün yeniləndi. numpy versiyası 1.9-dən FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: None` `müqayisədə gələcəkdə elementwise obyekt müqayisədə nəticələnəcək. bütün böyük faizlə görülür istifadəçi funksiyaları istirahət. Bu tutdu və eyni mesajı ilə bir RelaxWarning çevrilir. məsələ müqayisə operatorların davranış == və! = gələcək numpy versiyaları ilə dəyişəcək ki. Bu ilə əvəz kodu istirahət bazası ərzində deyil edilmişdir. Dəyişikliklər də uyğun minfx və bmrblib paketləri edilmişdir.
• numpy dəyişikliklər qarşı daha gələcək qorunması. FutureWarning rank` deprecated edir `edir; `Ndim` atribut və ya funksiya yerinə istifadə edin. matrix rütbəsi `numpy.linalg.matrix_rank` görmək tapmaq üçün. Buna görə də N-dövlət model hədəf funksiyası metodu paramag_info () .ndim atributu və artıq istifadə numpy.rank () funksiyasından istifadə etmək yeniləndi.
• Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids sistem test yaratdı. "NameError: Qlobal adı 'kimlikleri" müəyyən deyil "Bu səhv # 23933 tutmaq üçün nəzərdə tutulmuşdur istirahət data loading zaman problem. PDB fayl və istirahət məlumatların bir kesilir versiyası tam versiyasını yalnız qalıqları 329, 330 ibarət səhv hesabat, əlavə olunur, və 331 test suite paylaşılan data rehberler əlavə edilmişdir, və sistem test yazılı NameError tutmaq.
• RelaxMultiSpinIDError tutmaq Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids sistem test yeniləndi. bir RelaxMultiSpinIDError gözlənilir Bu, sistem test keçmək üçün imkan verir.
• 1.0.12 və 1.0.4 azad siyahısı sənəd minfx və bmrblib versiyasını yeniləndi. Bu == None və = barədə numpy FutureWarning mesaj aradan qaldırılması üçün! gələcəkdə davranış dəyişəcək numpy data strukturları ilə None müqayisə.
• Gna artdı! azad siyahısı sənəddə dərinliyi sectioning xəbər maddə.
• sequence.attach_protons istifadəçi funksiyası təsviri genişlənmişdir. Bu gələn http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855. Aşağıdakı
• Paul Schanda olan test data ilkin məlumat əlavə edilib. Bu R2, eff point metodu artırmaq üçün bir neçə imkanları var ki, nümayiş etdirir.
• Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistem test Added. Bu nan dəyərlər kreditləşməsini tutmaq olacaq.
• nan dəyərlər atlandı ki, ardıcıllıqla oxu əlavə çek etdi.
• edilməsi 950 MHz sınaq üçün təkrar 4000 Hz point üzerine deyil ki, əmin olun.

Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistem test
• R2, eff dəyərlər hesablanması bir test əlavə edib. Bu təkrar R2, 950 MHz / 4000 Hz nöqtədə eff üzerine olduğunu göstərir. A həll data kəsir əlavə imkan, çox az dispersiya tezliyi dəyişdirmək üçün ola bilər.
• Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 daha testlər əlavə edilib. Bu ki, R2 izleyerek göstərəcək, eff dəyərlər yaxşı idarə deyil.
• dispersiyası data modul r2eff_read funksiyası, təkrar olunur R2, eff dəyərlər oxumaq imkanları əlavə edib. dispersiya əsas R2, eff lüğət varsa bu ilk yoxlanılması edilir. Bu varsa, yeni bir imkan mövcud qədər tezlik 0.001 əlavə davam edir. Bu ayrı-ayrı dəyərləri kimi çox R2, EFF xal, idarə və onlara orta hər hansı bir qərar alaraq kömək etməlidir.
• sahəsi çalışır və heç bir model məlumat saxlanılır əgər, bir səhv istirahət artırılması gözləməsi əlavə edib.
• dispersiya əyriləri hiylələri və heç bir model saxlanılır əgər bir səhv artırılması.
• data analiz üçün nümunə script dəyişdi.
• auto-təhlili və salxımlı uyğun daxil etmək Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistem test Genişləndirilmiş. Bu analiz artıq mümkün olduğunu göstərmək lazımdır.
• müvəqqəti dövlət və məlumatların Paul Schanda üçün GUI quraşdırma üçün bir script əlavə edib.
• Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI test Added. Bu dövlət loading bir problem yaradacaq göstərəcək. Traceback (ən son zəng, son): TypeError. Int () dəlil simli və ya bir sıra deyil "NoneType" olmalıdır
• bir modeldir nəticələri faylı geri hesablanması istirahət məlumat üçün bir nümunə script Added. bu nəticələr fayl geri hesablanır məlumat yoxdur nəticələr fayl, son model deyil zaman faydalıdır. Bu Christina Moller dəstək tələb # 3303 cavab deyil.

Python 2.5 ilə geri uyğunluğu üçün Gary lib.float.isNaN () əvəzinə math.isnan of () istifadə edərək,
• .
• imla səhv və R2, eyni tezlikli eff xal oxuyarkən, relax_disp.r2eff_read yeni davranış sənədləşdirilməsi üçün Fix. spin-konteyner artıq və ya "spin-lock sahəsində güc '' CPMG nəbz tezliyi ilə R2, eff dəyərləri ehtiva edir, tezlik + 0.001 Hz bir infinitesimal kiçik dəyəri ilə əvəz olunacaq. Bu, eyni tezlik cüt və ya daha çox imkan verir.
• Dəyişdirilən daxili struktur obyekt az PDB formatında təsir edir. yeni model yaradılmışdır zaman 1 yenidən ki, PDB seriya nömrəsi artıq ağıllı, idarə olunur. Bu məlumat hələ conect qeydlər oxu məntiq dəstək üçün saxlanılır və gələcəkdə ləğv olunacaq. Bu məlumat daxili struktur obyekt yaradılmışdır necə əsasında structure.write_pdb istifadəçi funksiyası ilə yeniden kimi zəncir ID məlumat artıq, daxili struktur obyekt saxlanılır.
• daxili struktur obyekt dəyişikliklər Noe və strukturu sistem test dərsləri Updates. seriya nömrəsi indi reset ola bilər, və zəncir ID məlumat artıq saxlanılır.
• PCA struktur təhlilini həyata keçirmək üçün test suite paylaşılan məlumatlara bir fayl Added. Bu çərçivə sifariş təhlili istifadə CAM-IQ kompleksinin N-domain edir. Bu bir molekul birlikdə geri birləşdi müxtəlif sərt-orqanları ilə frame_order.distribute istifadəçi funksiyası zəng, ilk 5 strukturları var.
• structure.pca istifadəçi funksiyası ön yaradılıb. Bu, hazırda structure.rmsd istifadəçi funksiyası çərçivəsində modellenmiştir edir.
• structure.pca istifadəçi funksiyası geri sonuna əsas həyata keçirilməsi. Bu pipe_control.structure.main modulu yeni PCA () funksiyası var. Bu, sadəcə, bir çek həyata keçirir atom koordinatları toplaşır və keçir hazırda unimplemented lib.structure.pca modul kitabxana pca_analysis istirahət () funksiyası nəzarət.
• istirahət kitabxana PCA təhlili həyata qismən. Bu yeni structure.pca istifadəçi funksiyası üçün. lib.structure.pca modul yaradan, calc_covariance_matrix () funksiyası vasitəsilə strukturu covariance matrix hesablamaq üçün yaradılmışdır pca_analysis () funksiyası, və sonra onları çeşidlənməsi və truncating, covariance matrix eigenvalues ​​və eigenvectors hesablamaq edilmişdir PCA rejimi istənilən nömrəsi.
• structure.pca istifadəçi funksiyası alqoritm və num_modes dəlilləri Added. Bu istirahət kitabxana backend daxil bütün yol verilir.
• istirahət kitabxana PCA təhlili üçün SVD alqoritm həyata keçirilir. Bu, sadəcə numpy.linalg.svd çağırır ().
• istirahət kitabxana PCA analiz indi PC yanaşı strukturu başına proqnozlar hesablayır.
• istirahət kitabxana PCA analiz funksiyası indi data qayıdır. Bu PCA dəyərlər və istiqamətini, və strukturu başına proqnozlar.
daxildir
• PCA dəyərlər və istiqamətini, və strukturu başına proqnozlar indi saxlanılır olunur. Bu pipe_control.structure.main modul structure.pca istifadəçi funksiyası backend edir.
• structure.pca istifadəçi funksiyası format və dir dəlilləri Added. Bu ön və arxa bitir.
• Dəyişdirilən assemble_structural_coordinates () metodu daha çox məlumat qayıtmaq üçün. Bu pipe_control.structure.main modul edir. siyahıları boolean arqument indi əlavə molekul başına obyekt ID siyahısını qayıtmaq funksiyası, molekul başına model nömrəsi siyahısı və molekul başına molekul adı siyahısı səbəb olan qəbul olunub.
• structure.pca istifadəçi funksiyası indi PC proqnozlar qrafik yaradır. Bu PC2 vs PC1, PC3 vs PC2 və s daxildir.
• distribution.pdb fayl Gromacs PCA nəticələri Added. Bu Gromacs bütün hissələri və çıxış faylları icra etmək üçün istifadə bir script daxildir.

yeni 5.1.1 Gromacs versiyası
• Yenilənib Gromacs PCA nəticələri.
• ilkin Structure.test_pca sistem test yaratdı. data cdp.structure saxlanılır, bu yeni structure.pca istifadəçi funksiyası icra və çek.
• structure.pca istifadəçi funksiyası backend qrafik yaxşılaşmışdır. eyni data boru eyni strukturunun müxtəlif modelləri bir graph sıra belə qrafik indi salxımlı olunur. graph header da yaxşılaşdırılmışdır.
• Genişləndirilmiş Structure.test_pca sistemi test çek Gromacs dəyərlər müqayisə etmək.
• A ölçülmüş orta strukturu indi hesablanır bilər. Bu istirahət kitabxana modul lib.structure.statistics of calc_mean_structure () funksiyası üçün. Weights indi hesablanır və qaytarılması bir ölçülmüş orta üçün imkan hər strukturu üçün təchiz oluna bilər.
• structure.pca istifadəçi funksiyası müşahidəçi strukturları üçün dəstək Added. Bu, strukturlar müqayisə məqsədləri üçün istifadə edilə bilər ki, sıfır çəkisi üçün PC analiz istifadə strukturları alt imkan verir. obs_pipes, obs_models və obs_molecules arqumentlər istifadəçi funksiyası ön sonuna əlavə edilmişdir. backend hər strukturu üçün çəkilər bir sıra yaratmaq üçün bu istifadə edir. Və lib.structure.pca funksiyaları PC rejimi hesablamalar müşahidəçi strukturları aradan qaldırılması üçün sıfır çəkilər istifadə edin.
• Structure.test_pca_observers sistem test yaratdı. Bu structure.pca istifadəçi funksiyası yeni müşahidəçi strukturları konsepsiyası test edir.
• istirahət kitabxana prinsipi komponent təhlil çapı yaxşılaşmışdır. Bu lib.structure.pca modulu pca_analysis () funksiyası var.
• giderir və structure.pca istifadəçi funksiyası ilə istehsal qrafik üçün təkmilləşdirilməsi. müxtəlif dəstləri indi düzgün yaradılmış, indi sahələrinin etiketli olunur.
• Google Cloud Computing üzrə sürətli yerləşdirilməsi üçün test yerləşdirmək script, durub. Bir Ubuntu 14.04 LTS qurmaq nəzərdə tutulan üçün edir.
• quraşdırılması üçün script genişləndirilməsi.
• yerləşdirmək script funksiyaları daxil quraşdırma verilməsi.
• Splitting bir neçə kiçik funksiyaları daxil script yerləşdirmək.
• script yüklemek üçün yoxlanılması açıqlamalar durub.

scripts satınalma zaman
• bir neçə funksiyaları yerinə edilə bilər.
• Əlavə boşluq daha yaxşı çap üçün script yüklemek üçün.
• bir tutorial script əlavə.
• 2 tutorial skript durub.
• tutorial script kiçik spin ID səhv Fix.
• yaradılıb bug # 24131 tutmaq üçün bir sistem test, Martin Ballaschk məlumat kimi SpinContainer obyekt, heç bir S2 atributu var BMRB ixrac uğursuzluq.
• RelaxError yoxlamaq üçün Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition sistem test Modified. bir RelaxError test nəticələri, nəticələr fayl seçilmiş spins ehtiva edir.
• başqa bir problem tutmaq Mf.test_bug_24131_missing_interaction sistem test Added. Bu səhv # 24131, heç bir S2 dəyəri olan SpinContainer obyekt ilə BMRB ixrac uğursuzluq hissəsidir. Lakin deselected spins atlama əvvəlki fix ki deselected spin üçün atomlar qarşılıqlı üçün axtarış hələ istirahət yeni problem təqdim etdi.
• Bugfixes:
• təkrar istirahət dərslik HTML versiyası adları, və bu səbəbdən əvvəlki bölmələr yadda HTML fayl adları təkrar, aradan qaldırılmışdır.
• bug # 23933, üçün Fix "NameError: Qlobal adı 'kimlikleri" müəyyən deyil "problemi istirahət data loading zaman. bug bəzi natamam səhv rəftar kodu geri noyabr 2014-ci ildə təqdim, və edilmişdir. problem istirahət data məxsusdur spin növü (@N vs. @H) müəyyən olunmayıb ki. İndi düzgün RelaxMultiSpinIDError qaldırılır. kimlikleri dəyişən yox idi -. Bu əlavə etmək planlaşdırılır code idi, lakin heç vaxt və unudulmuş
• dərslik model pulsuz fəsildə CSA daimi tənlik üçün Fix. Bu Christina Moller tərəfindən fərq və siyahısını poçt istirahət-istifadəçilər bildirildi.
• dövlət və nəticələri faylları XML struktur obyekt saxlanması üçün Bug fix. funksiyası açıq obyekt saxlamaq üçün redaktə halda Əvvəllər cdp.structure əlavə hər hansı obyektlərin (və ya hər hansı struktur obyekt) struktur obyekt to_xml () metodu ilə xilas olmaz. İndi mövcud bütün obyektlərin XML çevrilir.
• Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI test tərəfindən tutuldu kimi GUI istirahət dispersiya analizi üçün Fix. bir script dövlət faylı loading zaman, heç dəyəri mövcud ola bilər. Bu artıq standart dəyərlərə müəyyən edilir.
• çalışan Fix heç bir qrafik ekran və matplotlib istifadə edərək bir server istirahət. səhv Relax_disp.test_repeat_cpmg sistem test ilə aşkar edilmişdir. Və yaradılan səhv idi: QXcbConnection: Profilə qoşulmaq mümkün olmadı. Ləğv olundu (əsas tullanır). matplotlib of backend dəyişdirilə var. Bu, misal üçün təsvir: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display və http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• (Hata # 24131 üçün fix) bir model pulsuz təhlili üçün bmrb.write istifadəçi funksiyası backend davranış Modified. Bu model pulsuz təhlil API bmrb_write () metodu edir. Deselected spins indi atlandı və çek spin data yığılmış edilmişdir ki, əmin olmaq üçün əlavə edildi.
• bug # 24131, SpinContainer obyekt heç bir S2 atributu var BMRB ixrac uğursuzluq üçün bir fix. bir model pulsuz model spin üçün yaradılmışdır əgər İndi heç bir məlumat BMRB fayl saxlanılır. Bu test suite keçmək üçün imkan verir.
• Bug fix Mf.test_bug_24131_missing_interaction sistemi test keçmək üçün imkan. Bu səhv # 24131, heç bir S2 dəyəri olan SpinContainer obyekt ilə BMRB ixrac uğursuzluq hissəsidir. diffuziya tenzor data montaj zaman problem oldu. diffuziya tenzor bütün qalıqları üçün hesabat kimi spin_loop () funksiyası adlı edilmişdir. Buna görə də skip_desel = True model pulsuz iştirak uyğun əlavə edilmişdir.

versiyası 4.0.0 yeni nədir:

• Features:
• sərt bədən hərəkətləri öyrənmək üçün çərçivə sifariş nəzəriyyəsi, final, tam və düzgün həyata keçirilməsi. Bu məcburi uyğun sistemi RDC və PCS məlumatların təhlili üçün hazırda.
• Bu dəyişiklikləri:
• frame_order.average_position istifadəçi funksiyası Deletion və əlaqədar backend bütün kodu. sistemində hərəkət mil haqqında heç bir tərcümə ilə, saf fırlanma; Bu istifadəçi funksiyası istifadəçi orta hərəkət domain vəzifəsinə kənar beş müxtəlif növ müəyyən etmək üçün icazə birlikdə tərcümə ilə sistemin hərəkət mil haqqında fırlanma; heç bir rotasiya ilə bir təmiz tərcümə; heç bir tərcümə ilə hərəkət domen kütləvi mərkəzi haqqında bir rotasiya; Bir tərcümə ilə birlikdə hərəkət domen kütləvi mərkəzi haqqında bir fırlanma. İndi son variant default və yalnız seçim olacaq. Bu seçim real orta mövqe bir hipotetik strukturu standart Superimposition alqoritm (Kabsch alqoritm) bərabərdir. digər dörd nəzəriyyəsinin inkişaf tarixi ilə əlaqədardır. Bu limit nəzəriyyəsinin faydalı və yalnız qarışıqlıq səbəb olacaq.
• frame üçün hədəf funksiyası kodu təmizləmək. Bu frame_order.average_position istifadəçi funksiyası silinməsi əvvəlki dəyişiklik gəlir. dəyişikliklər bu indi həmişə həyata kimi tərcümə optimallaşdırılması bayrağın qaldırılmasına və bu artıq daimi decoupled kimi orta domen fırlanma mil point motional mil point uyğun səbəb bayrağın qaldırılmasına daxildir.
• lib.frame_order.pseudo_ellipse modul funksiyaları əlifba sifariş.

onlar hələ həyata deyil kimi
• "xətt" çərçivəsində sifariş modellərinin bütün qazandı. Bu Ön kodu. - Backend mövcud deyil
• isotropic konus Cam çərçivə order test model optimallaşdırılması script yeniləndi. Due çərçivəsində sifariş təhlili dəyişikliklər bütün, köhnə script artıq funksional idi.
• orta domain mövqe tapmaq üçün Cam çərçivə sifariş test modelləri üçün bir script yaradılmışdır. sabit mil haqqında fırlanma aradan qaldırılıb ki, 1J7P_1st_NH.pdb üçün 1J7P_1st_NH_rot.pdb keçid Com bir tərcümə və fırlanma çevrilməlidir var. Bu script Euler tərcümə vektor və CoM fırlanma Euler açılar ilə açılar mil fırlanma əvəz etmək üçün istifadə olunacaq. Lakin structure.superimpose istifadəçi funksiyası CoM Superimposition eləcə də standart centroid Superimposition həm idarə etmək üçün redaktə etmək lazımdır.
• Cam çərçivə order test model Superimposition script yeniləndi. structure.superimpose istifadəçi funksiyası indi düzgün adlanır. Bu test modelləri üçün lazım olan doğru tərcümə və Euler fırlanma məlumat ehtiva edir kimi çıxış log fayl deposu əlavə edilmişdir.
• isotropic konus Cam çərçivə order test model optimallaşdırılması script üçün Parametr yeniləmə. Euler tərcümə vektor və Euler bucaq CoM fırlanma parametrləri ilə əvəz edilmişdir motional mil haqqında rotasiya üçün açılar.
• parametri məhdudiyyətlər yoxdur çərçivəsində sifariş modellərinin bir sıra Fix. linear_constraint () funksiyası bu modelləri üçün [] [] = a, b qayıdan, ancaq bu boş numpy serialların minfx kitabxana uğursuz səbəb idi. Bu dəyərlər indi tutdu və sıxıntı alqoritm azaltmaq () xüsusi API metodu söndürülür.
• Cam çərçivə order test data nəsil baza script bütün məlumatların dəqiq artdı. Bu bütün numpy növ float64 üçün float16 olan konvertasiya edilmişdir.
• Cam çərçivə order test data nəsil baza script RDC səhv qəbulu üçün Fix. rdc_err data structure atomlar data qablarda yerləşir, heç bir spin qablar.
• Cam çərçivə order data nəsil baza script strukturu loading hissəsi modifikasiyası. DIST_PDB bayraq müəyyən edilir, əgər onlar yalnız strukturlarının 3D paylanması yaradan üçün istifadə olunur strukturları indi yalnız instantly. Bu vaxt və kompüter yaddaş bir çox saxlayır.
• Cam çərçivə order test data nəsil baza script böyük SpeedUp. bütün spins atom mövqelərini və XH vahid istiqamətini saxlamaq üçün çoxölçülü numpy Diziler istifadə edərək, və) (numpy.tensordot istifadə edərək, bu strukturlar üzrə rotations həyata, hesablamalar 10 dəfə daha sürətli bir amil artıq. tərəqqi metr hər 1000 daha 100 tekrarlamalar göstərmək üçün dəyişdirilə idi. vəzifələrin və istiqamətini rotations indi təsadüfən ikiqat hərəkət modelləri ilə bir səhv (yəni "ikili rotor 'model) təyinat, ardıcıl həyata keçirilir.
• Kompüter RAM qorunması Cam çərçivə sifariş test data nəsil baza script Modified. bütün N rotations üçün XH vektor və atom mövqeyi data strukturları numpy.float32 çox numpy.float64 növü artıq. əsas dəyişiklik orta RDCs hesablamaq və faylların yazılı bir dəfə N-ölçülü data strukturları silmə, ayrı-ayrı PCSs orta.
• sürət və yaddaş qənaət üçün Cam çərçivə sifariş data nəsil baza script tam yenidən. dönmüş XH bond vektor və atom mövqeyi code çox sürətli olsa da, lazım yaddaş həcmi spin qablarda bu saxlamaq və atomlar data qablar zaman N & gt böyük idi; 1E6. sonrakı rdc.back_calc və pcs.back_calc istifadəçi funksiyası zənglər də çox uzun olardı. Buna görə də əsas script yenidən edilmişdir. _create_distribution () metodu dörd parçalanması edilmişdir: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution () və _pipe_setup (). _pipe_setup () metodu bütün lazımi məlumatları data boru qurmaq üçün ilk adlanır. DIST_PDB bayraq müəyyən edilir Sonra _calculate_rdc () və _calculate_pcs () metodları, və nəhayət _create_distribution () əgər. rdc.back_calc və pcs.back_calc istifadəçi funksiyaları zənglər aradan qaldırılmışdır. Əvəzində _calculate_rdc () və _calculate_pcs () metodları numpy array strukturları kimi orta RDC və PCS özlərini hesablamaq. Əksinə dönmüş istiqamətini və atom mövqeləri data strukturları böyük saxlanılması daha RDCs və PCSs yekunlaşdırdı olunur. Bu sonra dəyərlər orta sonunda self.N bölünür. N 20 milyon RAM istifadə üçün müəyyən zaman köhnə kodu müqayisədə ~ 20 GB üçün ~ 65 MB düşər. ümumi run vaxt bir neçə saat (qaydada və ya bal gücündə iki) bir neçə gün bir sistem azalır.
• Cam çərçivə order test data nəsil baza script üçün tərəqqi metr yenilənməsi dəyişdi. əyirici hər 5 əlavələr yenilənməsi, çox sürətli idi, və indi hər 250 və ümumi sayı yalnız hər 10.000 əlavələr çap olunur.
yenilənir
• Cam çərçivə order test data nəsil baza script üçün tərəqqi metr təkmilləşdirilməsi. Virgül indi minlərlə arasında çap və nömrələr indi haqlı var.
• RDC və PCS orta hesabla dəqiqliyi böyük artım. Bu CAM çərçivəsində order test data nəsil baza script edir. sonunda N ayırıcı sonra 1D numpy.float128 seriallarda daxil RDCs və PCSs (bu, bir 64-bit sistem tələb olunur) cəmlənməsi və ilə, orta dəyəri daha yüksək dəqiqliyi ilə hesablanır bilər. N böyük olur ki, ədədi orta truncation əsərlər böyük və daha böyük məbləğlər təqdim edir. Belə ki, bu dəyişiklik bu aradan qaldırır.
• RDC və Cam çərçivə sifariş test data nəsil baza script orta PC üçün Fix. double rotor model, və ya hər hansı bir çox motional rejimi model üçün orta yanlış idi. Əvəzində N bölünməsi, dəyərlər M motional rejimi sayı N ^ M, bölünür olmalıdır.
• Cam çərçivə order pulsuz rotor model test data dəqiq böyük artım. paylanması sayı strukturları artıq iyirmi milyon daha çox bir milyon və yenilənir məlumat nəsil baza script daha yüksək dəqiqlik numpy.float128 orta istifadə edilmişdir, çünki yüksək dəqiq deyil. Bu məlumatlar sıfıra alfa parametri dağılması təsir pulsuz rotor modelləri üçün beta və qamma orta domain mövqeyi parametri dəyərlər daha yaxşı qiymətləndirilməsi üçün imkan verməlidir.
• Cam çərçivə order ikiqat rotor model test data dəqiq böyük artım. ali dəqiq bölüşdürülməsi sayı strukturları artıq çünki (4500 ^ 2) daha çox bir milyon (500 ^ 2) dörddə bir milyon iyirmi. Və yenilənir data nəsil baza script daha yüksək dəqiqlik numpy.float128 orta istifadə edilmişdir.

• Bu dəyişiklikləri:



• Bugfixes:

• Bu dəyişiklikləri:












































































































İ.E.

versiyası 3.3.4 yeni nədir:

• Bu dəyişiklikləri:






































































• Bugfixes:

• Bu dəyişiklikləri:





















































• Bugfixes:

• Bu dəyişiklikləri:








































































































































• Bugfixes:

• Bu dəyişiklikləri:












































































































































































































































• Bugfixes:

versiyası 3.3.0 yeni nədir:

• Bu dəyişiklikləri:

versiyası 3.1.5 yeni nədir:

• Bu dəyişiklikləri:




• Bugfixes:

• Bu dəyişiklikləri:
























• Bugfixes:

versiyası 3.1.3 yeni nədir:

• Bu dəyişiklikləri:

• Bu dəyişiklikləri:













• Bugfixes:

versiyası 3.1.1 yeni nədir:

• Bu dəyişiklikləri:

• Bu dəyişiklikləri:


































































- & Gt;

• Bu dəyişiklikləri:























































• Bugfixes:

versiyası 3.0.1 yeni nədir:

• Bu dəyişiklikləri:







































































































• Bugfixes:

• Bu dəyişiklikləri:





























































































































































































































































































































• Bugfixes:

• Features:







• Bu dəyişiklikləri:










































• Bugfixes:

• Features:


• Bu dəyişiklikləri:

versiyası 2.2.3 yeni nədir:

• Features:









• Bu dəyişiklikləri:














































































































































• Bugfixes:

versiyası 2.2.2 yeni nədir:

• Features:


• Bu dəyişiklikləri:


























• Bugfixes:

versiyası 2.2.1 yeni nədir:

• Bu dəyişiklikləri:









• Bugfixes:

• Features:













• Bu dəyişiklikləri:




















































































































• Bugfixes:

versiyası 2.1.2 yeni nədir:

• Features:





• Bu dəyişiklikləri:

versiyası 2.1.1 yeni nədir:

• Features:










• Bu dəyişiklikləri:


















































































































































• Bugfixes:

versiyası 2.1.0 yeni nədir:

• Features:





• Bu dəyişiklikləri:




































































































































• Bugfixes:

versiyası 2.0.0 yeni nədir:

• Features:





















• Bu dəyişiklikləri:

• Features:


• Bu dəyişiklikləri:


• Bugfixes:

versiyası 1.3.9 Yeni nədir:

versiyası 1.3.8 yeni nədir:

tələblər