tigreBrowser

tigreBrowser tigre R paketi nəticələr üçün bir gen ifadə model browser edir (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Quraşdırma
tigreBrowser Python versiyası> = 2.5 tələb edir. tigreBrowser aşağıdakı komanda ilə quraşdırıla bilər:
python bərpa setup.py
(Misal üçün, yalnız cari istifadəçi üçün kök icazələrin olmadan quraşdırma) python modulları yükleme haqqında daha ətraflı məlumat üçün, http://docs.python.org/install/ görmək
başlayaraq server
tigreBrowser daxil web server faktiki nəticə brauzer istifadə etmək üçün çalışmalıdır.
Siz tigre R paketi (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html) tərəfindən bir verilənlər bazası faylı lazımdır. Bu paket tigreBrowser test üçün istifadə edilə bilər ki, bir test verilənlər bazası faylı "database.sqlite 'ehtiva edir. test bazası tigre paketi daxil təlimat və nümunə data istifadə edərək istehsal edilmişdir.
Server qrafik istifadəçi interfeysi başlamaq üçün tigreServer.py icra. Nəticədə browser başlamaq üçün, bir ilk nəticələr nümayiş olunacaq olan bir verilənlər bazası faylı seçin lazımdır. Bu "Açıq verilənlər bazası faylı" seçilməsi və verilənlər bazası fayl seçerek həyata bilər. verilənlər bazası faylı yazmaq icazələrin olmamalıdır. server sonra 'server Start tıklayarak tərəfindən açılmış ola bilər. Tıklandığında, bir etiket nəticə brauzer URL göstərmək üçün düymələri aşağıda görünür.
Nəticədə browser müntəzəm web browser istifadə edərək URL indi erişilebilir. Brauzer istifadə Təlimatlar bu dərslik növbəti bölmə var. server server Stop "düyməsinə ilə dayandırılır qədər browser mövcuddur.
tigreServer.py həmçinin bir komanda-line interface istifadə edilə bilər. Daha ətraflı məlumat üçün "help" seçimi ilə script başlayın.
browser istifadə edərək
Verilənlər bazasının seçim
verilənlər bazasının seçim nəticələri nəticələr siyahısı və hansı qaydada görünür olacaq müəyyən edir. təcrübə müəyyən seçim təcrübələr müəyyən seçmək üçün istifadə olunur. Bu təcrübələr yalnız nəticələr siyahısı göstərilir.
Next verilənlər bazasının seçilməsi transkripsiyası amil (TF) və ya hədəf set seçilməsi, nəticə browser müəyyən edilir asılı olaraq Reytinqde rejimi və ya tənzimləyici vəzifəli rejimi (quraşdırma bax) Hədəf. Hədəf rütbəli rejimində, TF seçim mövcuddur və nəticələri siyahısı verilmiş TF müxtəlif hədəflər üçün nəticələr var. Tənzimləyici rütbəli rejimində hədəf set seçilmiş siyahısı müxtəlif tənzimləyiciləri üçün nəticələr verəcəkdir.
Nəticələrinin sayı yüksək ola bilər, nəticələr çox pages bölünür bilər. Seçim "Hər səhifədə gen sayı" göstərdi nəticələrinin sayı tənzimləmək üçün istifadə edilə bilər. Bu səhifə yük əgər yavaş-yavaş görə images çox nəticələrin sayı azaltmaq üçün faydalı ola bilər.
Nəhayət, nəticələr göstərdi olan qaydada seçim "tərəfindən Sort" ilə dəyişdirilə bilər. Nəticələr verilən meyarı ilə azalma sıralanır.
Filtering
Nəticələr müxtəlif meyarlara indikatoru ola bilər. Bir, məsələn, müəyyən bir ərəfəsində daha yüksək z-hesab gen yalnız nəticələr göstərə bilər.
Bu filtreleme zaman çox meyarlara birləşdirmək mümkündür. "[+]" Link bir meyar əlavə etmək üçün istifadə edilə bilər. A meyar də istifadə xaric edilə bilər "[-]" (yalnız bir meyar olduqda göstərdi deyil) link. Çox meyarlar istifadə edildikdə, bütün meyarlara cavab verməlidir gen nəticə siyahı göstərdi olunacaq.
Filtreleme "filtreler müraciət" onay kutusunu istifadə aktivləşdirilib.
Qeyd
Bazasında gen əlavə məlumat ehtiva edir, nəticələr veri istifadə edərək, qeyd edilə bilər. mövcud vurğulayaraq variantları bu variantları ilə bağlı rəng ilə göstərilmişdir.
seçim oyunları əlavə məlumatlar var gen üçün nəticə siyahı sonda adları aşağıda rəngli qutuları göstərərək vurğulayaraq işləyir.
Axtarış
Həmin gen üçün nəticələri axtarmaq mümkündür. vergül yazaraq axtarış işləri axtarış qutusuna gen və ya sonda adları ayrılmış siyahısı. Gene takma da axtarış giriş kimi istifadə edilə bilər.
Göstərilir nəticələri
düyməsini tıklandığında "Göndər" verilənlər bazasının, filtreler, vurğulayır və axtarış verilmiş seçilməsi üçün nəticələr göstərdi olunacaq. verilənlər bazası sonra verilən seçim uyğun nəticələr üçün sorgulandığında olunacaq. "Sıfırla" düyməsinə bütün Marka və textfields təmizləmək üçün istifadə edilə bilər.
Nəticələr listing çox sütun var. Ilk sütun bir sonda adı sonda ilə bağlı bir GENENAME ilə göstərilir. Gen adının yanındakı bir verilənlər bazası müəyyən edilir əgər gen ifadə rəqəmdir. Aşağıdakı sütun gen üçün faktiki nəticələr var. Hər hansı bir əlavə məlumatlar da burada göstərilir. Experiment rəqəmlər nəticə dəyərlər yanaşı göstərilir.
. Verilənlər bazası daxil əgər Nəhayət, təcrübə parametrləri, növbəti rəqəmlərə bir masa kimi göstərilir

tələblər

• Python