NCBI C++ Toolkit

Heç bir məhdudiyyət istifadə ilə

NCBI C ++ Toolbar pulsuz, portativ, ictimai kitabxana təmin edir. Bu Unix, MS Windows və Mac OS platformaları üzərində işləyir:
ย ท iostream adapterləri ilə Networking və Interprocess Rabitə (BMM) kitabxana
ย ท multithreading Kitabxana
ย ท CGI və Fast-CGI Kitabxana
ย ท HTML Generation Kitabxana
ย ท SQL Database Access Kitabxana
BerkeleyDB üçün ย ท C ++ banderol kitabxana
ย ท C ++ iostream Adaptor / Wrapper Library
Iostream adapterləri ilə ย ท GZIP və Bz2 C ++ Wrapper Kitabxana
ย ท ASN.1 və C ++ Kodu Generator Tool ilə XML Serialization Kitabxana (datatool)
ย ท Tarix və Saat Kitabxana
ย ท File System Function Kitabxana
ย ท Command-Line mübahisə, Konfiqurasiya və Ətraf Mühit Qenerasiya Kitabxana
ย ท Sequence Alignment alqoritmləri Kitabxana
ย ท partlayış Engine Kitabxana
ย ท Bioloji ardıcıllığı Axtarış və emal Kitabxana
ย ท Portable FLTK və OpenGL based GUI və qrafik kitabxana
Yuxarıda Bundan əlavə, bir çox daha faydalı kitabxana, həm də ümumi məqsəd və biotech bağlı daim inkişaf saxlanılır və Web və bağımsız ərizə və onların proqramçılar yüzlərlə real həyat istehsalında istifadə olunur (həmçinin yüzlərlə hesablanır) var.
Bir C ++ geliştirici Əgər Bioinformatika çox maraq yoxdur, hətta əgər siz cross-platform applications tikinti çox faydalı kitabxana portativ təbiət tapa bilərsiniz. Belə CGI / Fast-CGI, HTML, Networking, SQL Database Access, ASN.1 və XML serialization üçün olanlar kimi Kitabxanalar olduqca ümumi məqsəd və Bioinformatika problem alan xaricində proqram bir sıra istifadə edilə bilər.
Kitabxana hər gecə tikilir C ++ Toolbar fəal inkişaf yaşanır. mənbə kodu FTP və CVS vasitəsilə sərbəst mövcuddur. C ++ Toolbar üçün sənədləşmə Acrobat PDF formatında kimi downloadable kitab da NCBI Bookshelf formatında online mövcud və

Bu azad yeni nədir.

• Highlights:
• SQLite3 əsaslanır Added LDS2 (Local Data Storage v.2), yeni funksiyalar və daha yaxşı performans var. Həmçinin Object Manager LDS2 istifadə LDS2 data loader həyata keçirilir.
• XmlWrapp rahat XML user API əsasən başa (və hətta cilalanmış) olmuşdur -bu.
• HTTP vəkalətnamələrin vasitəsilə açma və HTTP əlaqələri və təhlükəsiz yuvalarını tunel səlahiyyət, həyata keçirilir.
• CFormatGuess indi GTF, GFF3 və GFF2 ayırd etməyə imkan verir. Bu bəlkə qırılma dəyişiklik var. Daha ətraflı aşağıdakı baxın.
• CFeatTree yerinə əsas hissələri, onların valideyn-uşaq münasibətləri əks etdirən bir iyerarxiya bir bioloji ardıcıllıqla müəyyən xüsusiyyətləri təşkil sinif (bədii alt əsasında).
• CORELIB:
• simli yerinə yerli müstəqil dönüşüm ikiqat və geri; dəyişdirilmiş əsas kitabxana istifadə etmək.
• Yayım ::) (Justify - mətn ci maddələrdə biçimlendirme üçün
.
• CNcbiApplication - FindProgramExecutablePath statik, və daha güclü etmək; statik yüksək səviyyəli GetAppName metodu əlavə edin. Çox hallarda qlobal konfiqurasiya faylları üçün baxın.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Yeni üsul yüklemek üçün fayl (əgər varsa) müəyyən məntiq ifşa
• CEnvironmentCleaner -. Istenmeyen mühit dəyişənlərin imtina üçün yeni sinif
• CFileIO - Orijinal davranış geri. Bu SetFileHandle () vasitəsilə təyin əgər fayl qolu yaxın deyil
• SERİ:
• AnyContent data obyektlərin Serialization - tanımaq üçün sabit və düzgün proses onların dəyərlər atributları
.
• heç bir məzmun var ki, bir element default dəyəri təyin etmək XML data oxu düzəldilir.

Element default dəyəri var elementləri ardıcıllığı üçün
• dəstək Added.
• DATATOOL:
• dəqiqləşdirilmiş kodu nəsil:
• CHOICE data obyektləri;

Atributları ilə
• ikili məlumat növləri.
• ikiqat növü dəyərlər dəqiqləşdirilmiş dönüşüm daha əhəmiyyətli rəqəm qorumaq üçün.
• CONNECT:
• Əlavə keepalive socket seçimi (fSOCK_KeepAlive).
• Added NCBI keçid test (CConnTest).
• utilites:
• g_FindDataFile -. (Konfiqurasiya) standart yerlərdə faylların yerləşdirilməsi üçün Yeni funksiyası
• CChecksumStreamWriter -. Bir axın yazılı məlumatların checksum hesablamaq üçün yeni sinif
• g_GZip_ScanForChunks () - Yeni API, sıxılmış stream mövqelərini sorğu. Zəncirləmə gzip fayl daxilində ayrı-ayrı gzip faylları üçün mövqeləri almaq üçün həyata keçirilməsi Added.
• Əlavə sıxılma / Basınç stream manipülatörler (/ util / kompres / stream_util.hpp daxildir).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) bəlkə qırılma dəyişikliyi ilə yenilənir. Bu məqsədi CFormatGuess GTF, GFF3 və GFF2 ayırmaq üçün imkan verir. Hal-hazırda bir bir "eGtf dəyərinin həmin format bütün pul müavinəti. köhnə "eGtf 'dəyəri (3) eGtf_POISONED ilə əvəz olunur, və yenidən geri qaytarılmır. "eGtf" (21) üçün yeni dəyər CGtfReader (objtools / oxucular / gtf_reader.hpp) ilə oxumaq lazımdır ki, bir fayl demək olacaq. yeni dəyər "eGff3 (22) faylları faylları üçün CGff2Reader ilə oxumaq üçün nəzərdə CGff3Reader (objtools / oxucular / gff3_reader.hpp) və" eGff2 (24) ilə oxumaq üçün nəzərdə edir (/ objtools / oxucu daxildir /gff2_reader.hpp)
• BIO-OBYEKTLƏRİ:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Daha kontekstində sıra spesifikasiyası ilə FASTA faylları idxal yer ardıcıllığı kömək etmək üçün yeni üsul; CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (həmçinin yeni) tərəfindən vurub.
• CSeq_id :: IdentifyAccession - həyata keçirilməsi və ya DDBJ yeni imkanı uyğun olan bəzi daha çox önek (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, ARAA-EZZZ və IAA-İzzəddin üçün tanınması təkmilləşdirilməsi TPA WGS data) əsasən embl qarışıq-in MVA protein qoşulma (lakin çox Genbank bəzi).
• yeni bayraq bit WGS master qoşulma fərqləndirir. Artıq-ciddi PDB tanınması məntiq Relax.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Düz mətn ardıcıllıqla tanımlayıcıları ilə iş üçün yeni funksionallıq, CFastaReader həyata factored və bir qədər ümumiləşdirilmiş

Bir FASTA defline mənbə modifikatorların ilə, Seq-id silsilələri ilə indiki iş üçün (; iterator & quot parser və on-the-fly olarak tam) Yeni növü -
• SSeqIdRange.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - İsteğe bir ardıcıllığı üçün xüsusi adları qəbul edir. Aparıcı "c-nin Tag mənfi sahil dəyişir.

.
• CFastaReader - mənfi sahil silsilələri və payet kompakt defline-stil boşluğu sintaksis dəstək (? & Quot; & gt; N bir sıra; N & quot ya & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:

Alignment məhdudiyyətlər hesablanmasında istifadə olunan ardıcıllıqla hər mühafizə domenlərin sayı məhdudiyyətlər
• Əlavə command-line seçimi -num_domain_hits.
• filogenetik ağaclar:
• (nümunə Zahid və COBALT nəticələr üçün) sequence alignments olan phylogenetic ağac kompüter üçün yüksək səviyyədə interface Added. Class CPhyTreeCalc phylogenetic ağac hesablayır və CPhyTreeFormater Newick və Nexus formatında ağac görüntüler.
• BIO-OBJECT KİTABXANALAR:
• Görülən CheckNumRows () və seyrək alignments digər üsulları.
• yaddaş iz azaltmaq üçün: deserialization sonra alignments istifadə yaddaş azaltmaq oxumaq-qarmaqlar əlavə; Na-sahil artıq yaddaş mümkün bir byte istifadə edir; Score.value seçim indi CScore daxil edilir.
• (CSeq_id :: GetLabel da daxil sərmayə).
• BIO-OBJECT MANAGER:

CTableFieldHandle da boolean sahələri üçün
• Əlavə törədici üsulları.

CFeatTree əsasında
• Added GetBestGeneForFeat ().
• CFeatTree haqqında GetBestOverlappingFeat (). Görülən
• Əlavə sürətli CScope :: GetTaxid ().
• acc / ver, gi, etiket və taxid üçün həyata keçirilən toplu loading.
• Əlavə sıfır uzunluğu boşluqlar CSeqMap və CSeqVector kontrol edin.
• tətbiq GetLength () və təhvil yerler üçün GetCoverage ().
• təkmilləşdirilməsi:
• Əlavə köməkçi üsul yeri CFeatTree doldurmaq üçün.
• CFeat_CI sadə CSeq_loc_mix yerlərdə Xəritəçəkmə qədər Sped.

Ambiguities qarşısını almaq üçün CFeat_CI xüsusiyyətləri
• ciddi çeşidlənməsi.
• İndi Seq masa ilə işləmək CSeq_feat_Handle getters çox edir.
• Seq masa xüsusiyyətləri indi çox səviyyəli istifadəçi sahələri dəstəkləyir.

Split yığın yerləşən əgər
• Qeyri Seq-feat Seq masalar indi hətta tanınır.
• CBioseq_Handle :: AddId qədər Sped ().
• optimaldır CScope :: AttachXxx ().

Adlı annotasiya
• Support split.
• CSeqVector və CSeqVector_CI nin CanGetRange () indi yalan əvəzinə istisna atma qayıtmaq.
• ) (ResetHistory mövcud tutacaqları ilə necə müəyyən etmək üçün imkan verir.
• daha çox xüsusiyyətləri CFeatTree əlavə əgər yenidən yetiştirmenin optimaldır.
• CScope yaradılması / silme debug imkanı Added.
• artıq BasicCleanup ilə ediləcək çox iş hələ də, lakin əhəmiyyətli irəliləmələr təmin edildi C. mövcud təmizləmə funksionallığı təqlid C ++ təmizləmə funksionallığı çox dəyişikliklər. Az iş hələ də ExtendedCleanup üçün işlər görülüb.
• CSeq_loc_Mapper indi GC-Məclisi ilə başlatılmış bilər.
• Bug giderir:
• CFeat_CI mənfi sahil üzrə mix yerlərdə Sabit mapping.
• CFeatTree xüsusiyyətləri əlaqələndirir şəkildə bir çox giderir.
• Bir neçə mövzu-təhlükəsizlik giderir.

CSeq_annot_EditHandle üçün aligns və qrafik əlavə qarşısının alınması
• Sabit typo.
• istisnalar qarşı Safeguard CFeat_CI xüsusiyyətləri çeşidlənməsi zaman.
• Genbank DATA YÜKLEYİCİ:
• qeydə alınmış HPRD xarici notları.
• pubseqos / pubseqos2 oxucu isteğe exclude_wgs_master Param əlavə edib.
• acc / ver, gi, etiket və taxid üçün həyata keçirilən toplu loading.
• Added CGBDataLoader :: CloseCache ().
• təkmilləşdirilməsi:

CScope :: GetBioseqHandles ilə
• İstifadə toplu loading sorğu ().
• dolu blobs növü ilə ayrı-ayrı oxucu statistikası.
• Genbank debug mesajlar əlavə damgası.

PubSeqOS əlaqələri açılması üçün
• İstifadə IConnValidator.
• yanlış chunks istifadə qarşısını almaq üçün Genbank cache yığın istək və yığın alt anahtarlar əlavə split versiyası damcı split dövlət ID dəyişib zaman.

Açıq fasiləsi üçün
• Əlavə orta az confusing param adları.
• əlaqələri sayı count yeniden çoxaltmaq etməyin.
• OBJECT MANAGER TEST VƏ DEMO BƏYANAT:
• id2_fetch_simple -. Ixtiyari Seq-id-nin üçün əlavə -ið variantları
• test_bulkinfo -. Yeni test proqram
• FASTA:
• C ++ xüsusiyyət masa funksionallığı belə BankIt layihəsi çərçivəsində üçün daha funksional olmuşdur.
• kommunal asn2flat

(Bəzi nisbətən kiçik məsələlər qalır, baxmayaraq ki, bəlkə bu nöqtədə hazır azad)
• flatfile formatter dəyişikliklər böyük sayı bu çox yaxın azad hazır dövlət gətirmək.
• XMLWRAPP:
• XPath ifadə nəticələri çalışan istinad alaraq halda Sabit seqmentasiya günah.
• xarici və daxili alt ictimai ID sistem ID və DTD adı almaq üçün köməkçiləri Added.
• Əlavə üsulları node atributları Sistemi.
• XPath ifadə Sabit icra. İndi verilən node başlayır
• bir ad təmin zaman (default daxil olmaqla) atributları axtarış Sabit.
• aydın namespaces qeydiyyatdan zərurət olmadan XPath ifadə çalıştırmak imkanı əlavə edilib.
• sənədlərin təhlil edərkən səhvlər və xəbərdarlıq toplanması üçün konteyner təmin etmək imkanı əlavə edilib.
• node default atributları dəyərlər və namespaces dəyişdirmək imkanı əlavə edilib.
• Added bir atributu default əgər test etmək imkanı.
• Added nəzərə onların namespaces edərkən daxil və ya atributları aradan qaldırılması üçün imkanı.
• bir sənəd saxlanılır zaman XML bəyannamə soyunmaq imkanı əlavə edilib.
• WindowMasker:
• Yeni daxil format, və quot əlavə edilib; seqids & quot ;; Bu giriş formatında, giriş hər line bir sequence id olan bir fayl və alqoritm ardıcıllığı axtarmaq üçün Bio-Object Manager istifadə edir.
• Bütün WindowMasker konfiqurasiya parametrləri saxlanılması üçün yeni sinif CWinMaskConfig Added. sinif command-line dəlilləri konfiqurasiya parametrləri CArgDescriptions üçün lazım olan komanda-line dəlilləri əlavə və sonra almaq üçün istifadə edilə bilər.
• BUILD ÇƏRÇİVƏ (UNIX):
• də var təmin digər * _PROJ ayarları təmizləmək üçün bir replika kimi APP_PROJ və ya LIB_PROJ bir command-line spesifikasiyası şərh. (GNU olun tələb edir;. Günəş ilə qurur əvvəlki kimi işə davam etmək)

Alt dizinler
• Təchizat daha hədəfləri:. * _f (Üst səviyyə Makefile.flat wrapping) * _fd (tələb istehsal yerli düz makefiles, ağac digər hissələri məhəl bağımlılıkları istifadə edərək), clean_sources və purge_sources
• Yapılandır və rahatlığı scripts (derleyiciler / unix / * sh.):

--without-3psw
• Qeyd yeni bayraq -. Biz hər hansı bir 3-cü tərəf proqram təminatı ilə istifadə
• Glew üçün bir çek Added.

Boost və OpenGL üçün
• Təkmilləşdirilmiş yoxlayır.
• müasir toolchains sistemləri Darvin (Mac) üzrə run yolları ifadə Support.
• Zahid:

Darvin (Mac OS X) haqqında
• başqa universal səbəbiylə PowerPC toolchain məhdudiyyət qurur hətta Intel prosessorları yalnız qurmaq.

NCBI Taxonomy kimlikleri olan WindowMasker dəstəyi mövcuddur almaq üçün
• dəstək Added.
• psiblast çox ardıcıllıqla alignment faylı ilə yanaşı sorğu ardıcıllıqla dəqiqləşdirilməsi imkan verir.
• Əlavə bazası sabit maskeleme dəstək.
• Əlavə bazası tərcümə axtarışlar üçün yumşaq maskeleme.
• cədvəlli hesabatda btop (Zahid traceback əməliyyatlar) və sorğu və mövzu uzunluğu üçün əlavə dəstək.
• Command-line applications - psiblast çox sorğu axtarış imkan verir makeblastdb üçün isteğe -input_type əlavə
• blast2sequences rejimi ən yaxşı hit və XML istifadə imkan verir.

Uzaq axtarış
• Təkmilləşdirilmiş biçimlendirme performans.
• makembindex indi partlayış bazasında saxlanılır maskeleme məlumat istifadə edərək bir partlayış nukleotid bazası birbaşa maskalı MegaBLAST index inşa edə bilərsiniz. Bu makembindex yeni command line seçimi -db_mask tərəfindən həyata keçirilir. seçim partladılması bazası tərəfindən dəstəklənən filtreleme alqoritm tam id qəbul edir. seçim yalnız -iformat blastdb ilə birlikdə tətbiq oluna bilər.

Bir partlayış bazası tərəfindən dəstəklənən filtreleme alqoritmlərin rəqəmli kimlikleri tapmaq bir istifadəçi yardım üçün
• bayraq -show_filters təqdim olunur. Giriş çıxış makembindex mövcud filtreleme alqoritmlər və çıxış bir siyahısını səbəb kimi -iformat blastdb və Zahid bazası ilə bayraq tətbiq.
• BƏYANAT NETCACHE:
• NetCache aşağıdakı funksiyalar daxildir reworked olunur:
• disk daha yaxşı idarə olunması;
• blobs ilə kilidi-az iş, çeşitlemesi əvəzinə istifadə olunur
• multi-port dinləmək və başına müştəri parametrləri fərqləndirici.
• NetCache və ICache API:
• İstifadə Uint8 hər yerdə damcı ölçüsü.
• qismən damcı axtarış imkan verir.
• təqdim damcı parol qorunması; boş parol heç bir parol kimi uçota alınır.
• İşçi node API:
• onun yaddaş istehlakı müəyyən həddi artıq olduqda işçi node dayandırılması üçün yeni parametri (parametr və quot; total_memory_limit & quot;)
.
• onun run vaxt müəyyən həddi artıq olduqda işçi node dayandırılması üçün yeni parametri (parametr və quot; total_time_limit & quot;)
.
• GRID BƏYANAT:
• netscheduled
• queue silinməsi komanda üçün heç bir cavab səbəb olan bir səhv Sabit.
• remote_app
• Yeni konfiqurasiya parametri (& quot; tmp_dir & quot;). Kataloq adı yaradılan necə müvəqqəti nəzarət etmək - onun uzunluğu azaltmaq üçün
• damcı yazı səhv ol.
• netcache_control
• qismən damcı axtarış imkan verir.
• Yeni komanda Sil onların kimlikleri ilə blobs silmək üçün.
• Yeni parametr -auth istifadə identifikasiyası string müəyyən etmək.
• Yeni əmrləri -reconf və -reinit NetCache administratorları tərəfindən istifadə üçün.
• netschedule_control
• Effektiv uyğunluq rejimi yaşlı işçi qovşaqlarının ilə netschedule_control iş üçün.
• cgi2rcgi.cgi
• tərəqqi mesaj üçün tutucu kimi boş NetCache damcı yaratmaq etməyin.
• istifadəçi hesabat Giriş Grid səhvlər.
• iş ID parametr boşluq imkan verir.

JSON formatda iş status informasiya
• Support çıxdı.
• izin ver xüsusi HTML şablonları GRID səhvlər və digər tədbirlər üçün müəyyən ediləcək.
• aralıq nəticələr caching qarşısını almaq üçün heç cache HTTP başlıqlarını Added.
• ncfetch.cgi
• Yeni parametr parol qorunan blobs daxil olmaq üçün.
• əlavə parametr & quot şərh, fayl və quot; nazil fayl üçün bir fayl adı kimi.

2008 Dekabr 31 versiyası yeni nədir:

• Bu azad sütun xüsusi hesablamaq üçün bir üsul edir PSI-partladılması ilə pseudocounts.
• Bu grid xidmətləri kitabxana refactors.
• Bu, bütün Fayl API siniflər üçün vahid test çərçivəsində və səhv giriş edir.
• Bu IRIX pthread dəstək giderir. Bu XML serialization dəstək artırır.
• Bu Sybase dəstək giderir.
• Bu kiçik sorğu üçün kiçik Sistemi masalar üçün dəstək verir.
• Bu Genbank loader statistikası almaq üçün bir API edir.
• Bu, digər aksesuarların, speedups və bugfixes çeşidlənərək edib.