CLC Main Workbench

CLC Combined Workbench Bu 4 həftə tam funksional demo bütün DNA sequence CLC Gene Workbench təhlili və protein ardıcıllığı CLC Zülal Workbench təhlili aqreqatlar.

Improvements

• Yenilənib. Bütün təhlillər tam

  Bu azad yeni nədir bir, bir istifadəçi dostu və intuitiv proqram inteqrasiya olunur . Rebase & nbsp məhdudiyyət ferment siyahısı;

• MacOS Sierra partlayış çalışan bir məsələ Sabit
• Yenilənib PFAM links & nbsp;. Pfam tərəfindən Domain Axtarış aracı
• & nbsp təqdim bir məsələ Sabit.. RdeGBI sonra əlifba sırası ilə verilmişdir fermentlər itkin olduğu CLC Main Workbench 7.7.2 methylation məlumat
• Müxtəlif kiçik bugfixes

versiyası 7.7.2-ci> yeni

axınları

nəticələr ehtiva alt yaradılmışdır ki,
• Workflow nəticələr indi konfiqurasiya edilə bilər.

iş nəticələr adları müəyyən zaman
• Yeni placeholders mövcuddur: {istifadəçi}, {host} və çıxış obyektin zaman damgası, {il}, {ay}, {gün}, {saat} elementləri üçün, {dəqiqə}, {ikinci}.
• rəqəm indi yazılı adları istifadə müəyyən edilə bilər ki, yalnız kimi əvvəllər mövcud idi iş çıxış adları ərzində placeholders. {Name} {1} və {giriş} üçün sinonimi {2}
üçün eş edir
• 
  iş çıxış elementləri xüsusi adlandırma üçün {2} tutucu istifadə edərkən

  , yalnız oxunuş giriş yaradılan adı daxil ediləcək.

  
  
• 
  bir iş bütün konfiqurasiya parametrləri göstərən yaradılan PDF

  parametrləri entries bir vasitə bağlı və ya giriş element indi müəyyən elementləri adlarını. Əvvəllər bu cür elementləri üçün parametr siyahıları boş qaldı.

  
  
• 
  iş parametrləri ixrac bir vasitədir adı iş dəyişdirilə edilmişdir

  orijinal adı indi dəyişdi adı ilə yanaşı daxil edilir.

• 
  

  bir iş indi onları yaradan iş haqqında məlumat daxildir istifadə edərək, yaratdığınız data elementləri Tarix görünüşü.

  
  
• menyu indi Workbench Toolbox menyu sifariş gəlir. "Element əlavə et" iş alətləri sifarişi
• iş elementləri konfiqurasiya səbəbiylə rədd ediləcək giriş müəyyən istifadəçi yardım üçün təkmilləşdirilmiş iş qiymətləndirmə.

& nbsp;

& nbsp;

• Quick Launch alət indi əvəzinə toolbar əlavə edilmişdir Bu alət gətirir View menyusunda və bir düyməsinə adlı Launch Toolbox menyu altında bir sənəd tapılmadı.

• Analitika indi siçan ilə tıklayarak və görünür kontekstində menyu gezinmek maraq elementləri seçerek Yerli Axtarış nəticələri cədvəldə verilmişdir data elementləri başlayıb bilər.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; A & nbsp;. "Sil Dərnəyi (s)" Seçilmiş data elementləri metadata birliklər aradan qaldırılması üçün seçimi günah bir sağ klik kontekst menyu Metadata Elements görünüşü əlavə edilib

• metadata indi də mümkündür çox satır seçilmiş zaman Naviqasiya sahəsində tap istifadə etmək üçün Associated Data tapın.

  
  

bu düsturlar ilə bir elektron tablo metadata idxal zaman
• (Excel göstərilir kimi) formula qiymətləndirilməsi nəticəsində indi formula özü çox idxal edilir.

& nbsp;

• Bütün NCBI server rabitə indi şifrelenir. . & Nbsp (NCBI 30 sentyabr 2016-də HTTPS protokolu bütün web services hərəkət edəcək)

  
  

• fermentlər workbench & nbsp əvvəlcədən quraşdırılmış siyahısı. Rebase yenilənir edilmişdir

  
  

• seçim yeni masa filtreleme seçim kimi təqdim edilmişdir "siyahısında deyil".

  
  

• Read qrup Şirkət indi ardıcıllıqla siyahıları Element Info görünüşü göstərilir.

  
  

• GenBank idxal indi də "GBFF" uzadılması fayl adları üçün imkan verir.

  
  

• alət indi bir sıra ilə prefixed fayl üçün ədədi çeşidlənməsi istifadə edir "Sort qovluq".


ixracatçı nəticələr adları müəyyən zaman
• Yeni placeholders mövcuddur: & nbsp; {Istifadəçi}, & nbsp; {host} və {il} çıxış obyektin zaman damgası elementləri üçün, & nbsp; {ay}, & nbsp; {gün}, & nbsp; {saat, & nbsp; {dəqiqə}, & nbsp; . {ikinci} & nbsp;
• rəqəm indi yazılı adları istifadə müəyyən edilə bilər ki, yalnız kimi əvvəllər mövcud idi ixrac çıxış adları ərzində placeholders: {input} {1}, {uzadılması} üçün sinonimi {2} və {counter} üçün sinonimi deyil a {3}.
üçün sinonimi

versiyası 7.7.1 yeni nədir:

• dəyişikliklər toplu çox giriş ilə axınları icra zamanı yaranan bir məsələ Sabit əvvəlcədən müəyyən launch zamanı müəyyən sabit giriş tətbiq edilib.
• Motif Axtarış aracı düzgün 0% və ya 100% olaraq bütün matç accuracies ümumi bir məsələ Sabit.
• onu qənaət bir səhv səbəb ola bilər isə bir qovluq çeşidlənməsi bir məsələ Sabit.
• əsas fayl və ya data yeri ilə bağlı problemlər rast idi bir səhv səbəb olacağını batch rejimi informasiya bir səhv Sabit.

versiyası 7.7 yeni nədir:

Import Metadata - əsas və asan metadata idxal. Bu alət Metadata Table Redaktor mövcud alətlər əlavə.

versiyası 7.6.4 yeni nədir:

• NCB alət ardıcıllığı üçün axtarış səhv mesajı ilə nukleotid ardıcıllığı download uğursuz zaman bir səhv Sabit "aşağıdakı ardıcıllığı düzgün nazil deyil.
• Zülal Hesabat Yarat alət NCBI addım partlayış ilə bir problem Sabit.
• QUAL sahəsində ilk Vcf faylları idxal edilmiş cəlb məlumat və dəyərlər integers idi Vcf ixracı zamanı bir səhv gedən bir məsələ Sabit & nbsp;.
• Vcf & nbsp üzən-point (bu) ədəd ixrac; format müəyyən yerli əvvəllər asılı idi. Bu müəyyən edilmişdir ki, & nbsp; bu separator & nbsp;. Indi həmişə bir nöqtəsidir
• metadata avtomatik dərnək edərkən, log indi metadata satır hər hansı bir məlumat ilə bağlı heç olan göstərir.
• metadata manual məlumat Workbench ərzində əldə etmək üçün qarşısı bir səhv Sabit.
• uğursuz ki, bir CLC Server saxlanılan metadata masa istifadə edərək avtomatik birliyi bunu bir səhv Sabit.
• metadata Avtomatik dərnək indi daha dəqiq bütün data adı uyğun data adları prefiks əsasında birliyin yapar.
• A metadata masa artıq satır əl data elementləri ilə bağlı əsas sütun lazımdır.
• Workflow nəticələr konfiqurasiya əvvəl görünən metadata rolu yalnış seçimi qaldırıldı.
• Bir Workbench Data Yer əvəzinə qovluq sistemi bir fayl işarə edildiyi baş verən bir səhv Sabit. İndi Workbench Naviqasiya sahədə olduğu kimi unavailable görünür.
• Bütün parametrləri üçün Enabled Araç ipuçlarını konfiqurasiya və əməliyyat axınları icra.
• başlayacaq CLC url açılmazdan əvvəl olmalıdır indi tam CLC Server bir Workbench giriş prosesi.
• Workbench CLC üçün xüsusi bir protokol handler kimi tanınmadı Macs bir problem Fix. // Url
• bir cüt klik ilə redaktoru görünüşü keçid səbəb ola bilər ki, nadir baş verən istisna Həll.

versiyası 7.6.3 yeni nədir:

Yeni funksiyalar və təkmilləşdirilməsi

Seçilmiş elementləri Beton indi mümkündür
• : bu seçilmiş qovluq məhdudlaşdırılır üçün istifadə
.
• NCBI alət ardıcıllığı üçün axtarış istifadə edərkən biri indi bazası kimi "EST" seçə bilərsiniz.
• nümunələri alət Hiyerarşik Kümelenme indi axınları hissəsi kimi və server icra edilə bilər.
• Təkmilləşdirilmiş yaddaş idarə böyük hesabat elementləri idarə.
• phylogenetic ağac yarpaqları Toolbar artıq əlavə ardıcıllıqla təsviri göstərilir.

"Workflow Açıq Copy" istifadə edərək bir iş surəti oluştururken
• Nömrələr artıq Workflow elementlərinin adları əlavə edilir.
• Metadata Management. input faylları takip edin və nümunələri üçün meta məlumatı idxal.

Hata düzeltmelerini

• Sabit 3-cü tərəf lisenziya plugin yüklerken Workbench bir səhv mesajı göstərmək istəyən bir nadir meydana gələn məsələdir.
• masa süzülür və ya sıralanır edilmişdir əgər bir Blast nəticələri cədvəldə bir giriş seçilməsi Blast redaktoru yanlış alignment qeyd bilər ki, bir məsələ Sabit.
• bir səhv mesajı səbəb verə bilər Design Astar redaktoru bir annotasiya tıklayarak bir məsələ Sabit.
• dairəvi ardıcıllıqla başa yayıldılar notları səhv Circular Sequence View yerləşdiriləcək ki, bir məsələ Sabit.
• müəyyən ardıcıllığı yazıları radial göstərilməsi ilə dairəvi görünüşü göstərilir əgər workbench dondurmaq səbəb olan bir səhv Sabit.
• bəzi hallarda yanlış müəllifi olan Sabit ixrac edib.
• bir səhv mesajı aparıcı Component Analysis bəzən qeyri-qanuni dəlilləri ilə run bilər Box Plot və əsas yaratmaq vasitəsi bir məsələ Sabit.
• Reverse tamamlamaq Sequence alət çıxış indi şəkilçi olur -RC -1 əvvəl yerinə girdi adı əlavə.
• partition funksiyası hesablamaq üçün seçimi (& gt; 1000 nucleotides) uzun molekulları üçün seçilmiş zaman Orta strukturu alət tahmin bir səhv Sabit.
• bir tam çox böyük axınları yakınlaştırma sonra zoom bilmədi bir məsələ Sabit.
• Windows kök qovluq qarşısı Fayl Yer kimi istifadə olunur sürücüler bir məsələ Sabit.
• default Java konfiqurasiya ilə Workbench run edir .vmoptions fayl ilə nəticələnəcək Windows mövcud quraşdırma yenilənməsi silinməsinə bir məsələ Sabit.

versiyası 7.6.2 yeni nədir:

• bir uninformative səhv tapılanlar və iş davam etmək üçün bir yenidən tələb bəzən Workbench ilə nəticələnən bir java məsələ ətrafında bir iş Added.
• onların CPU istifadə limit haqqında NCBI yaradıldı səhv şəffaf hesabat deyil ötüb olunur NCBI da partlayış çalışan bir məsələ və "Xit" nəticəsində Sabit yerinə hesabat edildi.

Partlayış faylları təmizləmə uğursuz zaman
• A fix hallarda istisna qarşısını almaq üçün tətbiq edilmişdir.
• Reverse Tərcümə vasitədir codon tezlik masalar müəyyən edilmiş hər hansı genetik kodu yok. Bütün Əks tərcümə beləliklə standart genetik kodu default olardı.

hediye data ilə bir iş yüklerken
• Bu data saxlanılması üçün read-yalnız qovluq seçmək üçün artıq mümkün deyil.
• "Desteklenen format" Sabit yanlış ekran Qovluq redaktoru və ya Yerli Axtarış Redaktor bilərsiniz elementləri ixrac.

Yerli Axtarış redaktoru vasitəsilə aşkar bir fayl redaktə
• potensial yanlış fayl Fix xilas olan.
• hesabatların daxili sahələri indi onların xilas yan panel parametrləri ilə göstərilir.
• yan panel vasitəsilə sahələrində müxtəlif line rəng qənaət Sabit.
• 10-dan çox nümunələri ilə sahəsi üçün əfsanələr göstərmək Side panel seçimi verir.
• boş data dəstləri üçün sahələri göstərilməsi zaman bir səhv səbəb olan məsələ Sabit.
• "Empty Recycle Bin" seçimi bəzən yanlış unavailable idi bir məsələ Sabit.

versiyası 7.6.1 yeni nədir:

• GTF ixracatçı Main Workbench üçün artıq mövcuddur.
• Transcriptomics təcrübə və nümunə cədvəllər indi hətta satır böyük nömrələri ilə, sıralaması edə bilər.
• Təkmilləşdirilmiş Excel, HTML və variantlar nişanı ayrılmış ixracı (sizə lazım yalnız notları / sütun seçin).

• təsir bir səhv Sabit Klon redaktoru alət "Seçki sonra əvvəl / Sequence Cut".
• sol klik tez sağ-klik izlədi olaraq şərh olundu Sabit bug (Toolbox ağac, əzmkarlıq axtarış nəticəsində siyahısı, və iş redaktoru) OS X cüt basın.

versiyası 7.6 yeni nədir:

• Tracks:
  • ardıcıl çıxış əlavə masa sütun variant musiqi və annotasiya musiqi zənginləşdirilməsi. bu vasitələrdən Çıxdı musiqi indi əlavə masa sütun eyni sayda var və sütunlar həmişə eyni qaydada olacaq. əlavə sütun bütün variant satır boş dəyərlər olsaydı Əvvəllər, bu sayı və çox nümunələri eyni tools / axınları ilə emal edilmişdir əlavə sütun nisbi sifariş müxtəlif nəticədə final masa çıxarılır olardı. Bütün sütunlar hansı zənginləşdirilməsi / annotasiya alətləri tətbiq edilmişdir kimi müəyyən bir nümunə üçün heç bir nəticə vermədi, hətta ixrac masalar aşağı emal asanlaşdırılması və dərhal vizual istinad təmin indi saxlanılır.
  • variant musiqi və annotasiya musiqi üçün masalar bilər ki, çox nömrələri olan hüceyrələri ilə artıq sort və filter sütunlar.
  • variant üçün Təkmilləşdirilmiş track viewer göstərilən variant ardıcıllıqla dəyişiklik göstərmək izler.
  • Qrafik musiqi indi mənfi dəyərləri (gözlənilən kimi) y = 0 yuxarı dolu göstərir.

  CSV, nişanı ayrılmış mətn və Excel masa ixrac nömrələri

  • artdı ondalık.
  
  aşağı disk space ilə bağlı səhvlərin
  • Təkmilləşdirilmiş hesabat.
  
  

versiyası 7.5.1 yeni nədir:

• Bu isteğe daxil olmadan bir iş çalıştırmak üçün indi mümkündür.
• HGVs c.xxx format istifadə edərək DNT səviyyəsində dəyişiklik 3 UTR ilə variantlar annotasiya yazmaq etməyib AAC vasitədir. Bu older versons olan Ensembl CDS musiqi GX 7.5 ilə aparılır və ya əvvəllər əsasında hər hansı bir analiz təsir göstərir. AAC analiz doğru annotasiya üçün GX 7.5.1 istifadə redone olmalıdır.
• Pfam filtreleme bug sabit. Əvvəllər Pfam yalnız bir sorğu və bir çox domains buraxılmış nəticəsində hər növü ilk domen məlumat verib. Biz gəlir users onların tədqiqat asılıdır Pfam notları öz data alət run yenidən.
• müəyyən input alignments üçün bootstrap dəyərlər yaradan zaman müvəffəqiyyətsiz oldu 'maksimum ehtimalı Phylogeny "alət bir səhv Sabit.
• alət sehrbazlar parametrləri kimi obyektlərin seçərkən müvafiq faylları scrolling ilə problem Sabit.

onlar asılı olmayaraq sahil düzgün sorğu və mövzu mövqelərini göstərir, belə ki,
• Blast mətn nəticələri yaxşılaşdırılmışdır.
• CLC Server bu çalıştırmak üçün seçerken Zahid əməliyyatları mane olan bir problem Sabit.
• Bu isteğe daxil olmadan bir iş çalıştırmak üçün indi mümkündür.