Jmol

Jmol ilk növbədə 3D kimyəvi strukturları üçün molekulyar görüntüləyici kimi çıxış etmək üçün nəzərdə tutulmuş açıq mənbə, cross-platform və pulsuz qrafik proqramdır. HTML5 web app, Java proqramı, bir Java proqramı və "başsız" bir server tərəfi komponenti kimi dörd bağımsız rejimdə çalışır.

Bundan əlavə, proqram animasiyalar, səthlər, vibrasiya, orbitals, ölçmələr, simmetriya və vahid hüceyrə əməliyyatları və şematik şəkilləri dəstəkləyir.

Hal-hazırda, tətbiq MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gauss, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO və MOPAC.

Ayrıca, CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR və JME də dəstəklənir

Bütün əsas veb brauzerləri dəstəkləyir

Proqram Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera və Safari daxil olmaqla, bütün əsas veb brauzerləri ilə uğurla sınaqdan keçirilib. Sözügedən brauzer proqramları bütün əsas əməliyyat sistemlərində sınaqdan keçirilmişdir (OS-lərin dəstəklənməsi üçün sonrakı bölümə baxın).

Java proqramlaşdırma dilində yazıldığından, Jmol bütün GNU / Linux dağılımlarını, Microsoft Windows və Mac OS X əməliyyat sistemlərini və Java Runtime Environment'in quraşdırıldığı hər hansı bir OS-yə dəstək olmaq üçün nəzərdə tutulmuş platformadan müstəqil bir proqramdır.

• bug fix: Jmol SMILES ekleme kodu axtarışına imkan vermir - əlavə edir & quot; ^ " daxil kodu üçün: [G # 129 ^ A.]

• bug fix: Jmol SMILES, - "^" sözünü əlavə edir. daxil kodu üçün: [G # 129 ^ A.]



versiyası 14.20.3 versiyasında:

• Bug fix: Jmol SMILES, kod axtarış - "^" əlavə edir. daxil kodu üçün: [G # 129 ^ A.]

Sürüm 14.6.5-də yeni nə :

• bug fix: Jmol SMILES, əlavə kodlama axtarışına imkan vermir - əlavə edir & quot; daxil kodu üçün: [G # 129 ^ A.]

versiyası 14.6.1-də :

• bug fix: Jmol SMILES, kod axtarış - "^" əlavə edir. daxil kodu üçün: [G # 129 ^ A.]

Nə yeni versiyası 14.4.4 Build 2016.04.22:

• bug fix: annotasiya atom dəstləri əlavə hidrojenler üçün düzəliş edilməmişdir
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF oxucunu qırdı
• bug fix: BinaryDocument (Spartan faylı) oxumaq 14.1.12_2014.03.18

Nə yeni versiyası 14.4.4 Build 2016.04.14:

• bug fix: annotasiya atom dəstləri əlavə hidrojenler üçün düzəliş edilməmişdir
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF oxucunu qırdı
• bug fix: BinaryDocument (Spartan faylı) oxumaq 14.1.12_2014.03.18

Nə yeni versiyası 14.4.4 Build 2016.03.31:

• bug fix: annotasiya atom dəstləri əlavə hidrojenler üçün düzəliş edilməmişdir
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF oxucunu qırdı
• bug fix: BinaryDocument (Spartan faylı) oxumaq 14.1.12_2014.03.18
• bug fix: əlavə hidrojenslər üçün düzəliş edilməyən nüsxə atom dəstləri

  Yeni versiyası 14.4.3 Build 2016.03.02:

  >

• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF oxucunu qırdı
• bug fix: BinaryDocument (Spartan faylı) oxumaq 14.1.12_2014.03.18

Nə yeni versiyası 14.4.3 Build 2016.02.28:

• bug fix: annotasiya atom dəstləri əlavə hidrojenler üçün düzəliş edilməmişdir
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF oxucunu qırdı
• bug fix: BinaryDocument (Spartan faylı) oxumaq 14.1.12_2014.03.18

Nə yeni versiyası 14.4.2 Build 2016.02.05:

• bug fix: annotasiya atom dəstləri əlavə hidrojenler üçün düzəliş edilməmişdir
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF oxucunu qırdı
• bug fix: BinaryDocument (Spartan faylı) oxumaq 14.1.12_2014.03.18

Nə yeni versiyası 14.4.0-da yaradın 2015.12.02:

• bug fix: annotasiya atom dəstləri əlavə hidrojenler üçün düzəliş edilməmişdir
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF oxucunu qırdı
• bug fix: BinaryDocument (Spartan faylı) oxumaq 14.1.12_2014.03.18

14.2.15 versiyasında yeni nə :

• bug fix: əlavə hidrojenslər üçün düzəliş edilməyən annotasiya atom dəstləri
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF oxucunu qırdı
• bug fix: BinaryDocument (Spartan faylı) oxumaq 14.1.12_2014.03.18

versiyası 14.2.13-də yeni :

• bug fix: ekleme atom dəstləri hidrogenlər
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF oxucunu qırdı
• bug fix: BinaryDocument (Spartan faylı) oxumaq 14.1.12_2014.03.18

versiyası 14.2.12-də yeni :

• bug fix: annotasiya atom dəstləri əlavə üçün düzəliş edilmədi hidrogenlər
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF oxucunu qırdı
• bug fix: BinaryDocument (Spartan faylı) oxumaq 14.1.12_2014.03.18

Yeni versiyası 14.1.8 Beta:

• yeni xüsusiyyət - cizgi filmiRiboz:
• riboz halkalarına çəkilir, fraqmentləri əks etdirir
• C4'-C5'-O5'-P ilə aydın şəkildə
bağlanır
• istinad üçün C3'-O3 'i göstərir.
• cartoonBaseEdges'i (Leontis-Westhof Edge) aradan bırakır
• SET cartoonBaseEdges ON ilə sıxıldı
• Rick Spinney, Ohio Dövləti tərəfindən təklif
• yeni funksiya: anim çərçivəsi [a, b, c, d] aralıkları göstərmək üçün mənfi ədədlərlə işləyir:
• anim çərçivəsi [1, -5, 10, -6] -> [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• "1 - 5" və sonra 10 - 6 "kimi oxuyun.
• yeni funksiya: Tinker fayl oxuyucusu (və FoldingXYZ oxucu yeniləməsi):
• Tinker :: istifadə edə bilərsiniz, lakin bu yalnız ilk satır JUST bir atomCount
olmasıdır
• atomicount
üçün n-1 atomları ilə köhnə Tinker formatını yerləşdirir
• traektoriyalara və istədiyiniz model nömrəsinə
imkan verir
• yeni xüsusiyyət: (həqiqətən 13.1 lakin sənədsiz) animasiya çərçivəsi [51 50 49 48 47 46 45 (və s.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (və s ..)
• yeni xüsusiyyət: x = müqayisə ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
• yeni xüsusiyyət: x = müqayisə ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bütün")
• yeni xüsusiyyət: x = müqayisə edin ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "ən yaxşı")
• yeni xüsusiyyət: x = müqayisə ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
• yeni xüsusiyyət: x = müqayisə edin ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
• yeni xüsusiyyət - x = müqayisə edin ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
• qeyri-aromatik SMILES əsasında bir və ya daha çox əlaqə siyahıları yaradır
• isteğe bağlı olaraq H atomlarını ehtiva edir
• seçki ehtimalları mümkün olan bütün atom xəritələrini yaradır
• int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• Burada "a" və "bn" bütün atom göstəriciləri və ya "bütün" variant seçilir.
• hidrogen atomları da daxil olmaqla iki quruluş üçün bir atom korrelyasiya xəritəsi meydana gətirəcək: yük faylları "a.mol" "b.mol" x = müqayisə edin ({1.1} {2.1} "MAP" & quot; H & quot;)
• Aşağıdakı kokain modelini NCI-dən PubChem-ə aiddir:
• yükü $ kofein yüklə: əlavə et: kofein; çərçivə *
• 2.1 seçin; etiket% [atomIndex]
• müqayisə edin {1.1} {2.1} SMILES translate translate
• x = müqayisə edin ({1.1}, {2.1}, "MAP" & quot; yaxşıH & quot;)

a1 = a [1]; a2 = a [2]; seçmək atomindex = a1; etiket @ a2}
• yeni xüsusiyyət: müqayisə {model1} {model2} SMILES:
• SMILES verməyə ehtiyac yoxdur; Jmol onu {model1} dan yarada
• yeni xüsusiyyət: x = {*}. ("SMILES", "H"):
• aydın H atomları ilə SMILES yaradır
• SMARTS əvəzinə SMILES istifadə edərək bug fix: substructure () funksiyası, belə ki, yalnız tam strukturlar;
• bug fix: SMILES ilə əlaqəli üsullarda daha yaxşı səhv saxlama və mesajlar
• bug fix: Jmol.jar və jsmol.zip yolunun webexport kəşfini daha güclü olun.
• bug fix: getProperty extractModel alt ehtiramını deyil
• bug fix: set pdbGetHeader TRUE qeyd etməz REMARK3 REMARK290 REMARK350
• bug fix: getProperty ("JSON", ....) dəyərini {value: ...}
• bug fix: MO'da davamlı şəffaflıq 11x
ilə pozulmuşdur
• bug fix: MENU yazmaq MENU menyusunu 12.2
ilə pozulmuş MENU yükləyin
• bug fix: {*} [n] nAtoms əgər
boş olmalıdır

versiyası 14.0.7-də yeni :

• Hata düzeltme: unitcell və eko göstərilməsi, getProperty

Sürüm 14.0.5-də yeni nə :

• Hata düzeltme: LCAOCartoon şəffaflığı pozuldu
• Hata düzeltme: yarı şəffaf orqa mili broken
• Bug fix: pqr, p2n oxucuları qırıldı
• Bug fix: səth bir əsas atomla əlaqələndirilməyən bir nöqtəyə malik olan bir parçadırsa, izosurface xəritəsi xüsusiyyət xxx uğursuz ola bilər.

Yeni versiya versiyası 14.1.5 Beta:

• bug fix: LCAOCartoon şəffaflığı pozuldu
• bug fix: yarı şəffaf orqa mili broken
• bug fix: pqr, p2n oxucuları qırıldı
• bug fix: səth bir əsas atomla əlaqələndirilməyən bir nöqtəyə malik olan bir parçadırsa, izosurface map xüsusiyyət xxx uğursuz ola bilər.

versiyası 14.0.4 versiyasında :

• Bug fix: PDB byChain, bySymop dəstəklənmir.

Sürüm 14.0.2'de yeni :

• bug fix: modulation q və t arasında fərq qoymur;
• bug fix: modullaşdırılmış ölçülər işləmir
• bug fix: müəyyən defaultLattice "{NaN NaN NaN}" atlayaraq deyil
• bug fix: isosurface xəritəsi atomik orbital uğursuz olur
• bug fix: məsafələrlə modulyasiya vibrasion ekranı yeniləmir
• bug fix: vibrasiya off konsolda lazımsız xəbərdarlıqlara səbəb olur
• bug fix: simvolu cırıq çəkin
• bug fix: array.mul (matrix3f) Jmol
çökdü
• bug fix: symop = 1555 broken
seçin
• bug fix: dəsti seçmə dragSelected işləmir
• kodu: refactored CifReader, MMCifReader və MSCifReader kodunu ayırır: SV'nin üsullarının kiçik adını dəyişdirmək / refactoring
• kodu: javajs.api.JSONEncodable interfeys əlavə edir
• org.jmol.script.SV-də super-sadə tətbiq
• javajların xüsusi JSON nəticələrini təqdim etməsinə imkan yaradır

Yeni versiyası 14.1.2 Beta:

• yeni funksiya: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, ifadə):
• Jmol.evaluate-dən daha yaxşıdır, çünki nəticə bir dize deyil, JavaScript dəyişəndir.
• JSmol api Jmol.evaluate (applet, ifadəsi) DEPRECATING
• yeni funksiya: getProperty ("JSON", ....):
• əmlak üçün JSON kodunu qaytarır
• JavaScript imkan verir: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", & quot; bəzi ifadə & quot;)
• yeni xüsusiyyət: getProperty variableInfo:
• Java və ya JSON formatında dəyişənlərin alınmasına imkan verir
• ifadəni qiymətləndirir
• bütün "& quot;
üçün varsayılan
• yeni funksiya: q və t ilə tənzimlənən modulyasiya, d = 3-ə qədər:
• modulyasiya on / off (bütün atomlar)
• dəyişdirmə {atom seti} on / off
• modulasyon int q-offset
• modulation x.x t-offset
• modulyasiya {t1 t2 t3}
• modulyasiya {q1 q2 q3} TRUE
• yeni xüsusiyyət: seçilmiş siyahı:
• yaxınlarda seçilmiş atomların dizisini sifariş etdi
• PICKED dəyişkənliyi ilə eyni ola bilər, amma bu, müvəqqəti olaraq deyil, müvəqqəti olaraq sifariş edilir
• iki dəfə tıklayan quruluş siyahısı
silinir
• @ {pickedList} [0] son ​​seçilmiş atom
• @ {pickedList} [- 1] sonrakı-son seçilmiş atom
• @ {pickedList} [- 1] [0] son ​​iki seçilmiş atomu
• yeni xüsusiyyət: array.pop (), array.push () - JavaScript-a oxşar
• yeni funksiya: modulyasiya ölçüsü x.x
• yeni xüsusiyyət: caption "xxxxx" & quot; x.x - çalıştırılacak saniyələrin sayı
• yeni xüsusiyyət: modulyasiya 0.2 // t-dəyərini təyin edir
• yeni xüsusiyyət: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push ("test"); a.pop ()
• yeni xüsusiyyət: ON / OFF atom dəsti seçin:
• seçki halosunu açma və ya söndürmə seçimini və seçimini çevirir
• rahatlıq yalnız
• yeni xüsusiyyət: pt1.mul3 (pt2):
• qaytarır {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• Hər ikisi də bal olmadıqda, sadə çarpmaya dönür
• yeni reature: array.mul3 (pt2) - ardıcın bütün elementlərinə mul3 tətbiq edir
• yeni xüsusiyyət: {atomset} .modulasyon (tip, t):
• P3 (deportasiya modulyasiyası)
təqdim edir
• yalnız = = & quot; D & quot; (isteğe bağlı)
• isteğe bağlı t
default olaraq 0 olur
• bug fix: q və t arasında fərqlənməyən modulasiya;
• bug fix: modullaşdırılmış ölçülər işləmir
• bug fix: müəyyən defaultLattice "{NaN NaN NaN}" atlayaraq deyil
• bug fix: isosurface xəritəsi atomik orbital uğursuzluq
• bug fix: məsafələrlə modulyasiya vibrasion ekranı yeniləmir
• bug fix: vibrasiya off konsolda lazımsız xəbərdarlıqlara səbəb olur
• bug fix: simvolu cırıq çəkin
• bug fix: array.mul (matrix3f) Jmol
çökdü
• bug fix: symop = 1555 broken bug fix: dəsti seçmək dragSelected not working
• kodu: refactored CifReader, MMCifReader və MSCifReader'dan ayırır
• kodu: SV
'dəki üsulların kiçik adlandırılması / refactoring
• kodu: javajs.api.JSONEncodable interfeys əlavə edir:
• org.jmol.script.SV-də super-sadə tətbiq
• javajların xüsusi JSON nəticələrini təqdim etməsinə imkan yaradır

Sürüm 14.0.1-də yeni nə :

• yeni xüsusiyyət: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (default 55)
• yeni funksiya: load () funksiyası, printlet yükdə olduğu kimi ("xxx"), tətbiq olunan məhdud yerli fayl:
• kök dizin faylları yoxdur
• uzantısı olmayan fayllar
• hər hansı bir "/. yolda
• yeni xüsusiyyət: JAR faylları təhlükəsiz imzalanmışdır
• yeni funksiya: applet JAR faylları yerli fayl yüklənməsi üçün JNLPs (Java Network Başlat Protokolları) daxildir
• yeni funksiya: JSmol URL variantları _USE = _JAR = _J2S = məlumat məlumatları üçün qadağan edir
• yeni xüsusiyyət: (mövcud idi, lakin sənədsiz) print quaternion ([quaternions array]) - sferik ortalama a la Buss və Fillmore qaytarır
• yeni xüsusiyyət: print quaternion ([array of quaternions], true):
• sferik orta A la Buss və Fillmore
üçün standart sapma qaytarır
• birimler açısal dərəcədir
• yeni xüsusiyyət - quaternion modulus dəyərləri adlı:
• print quaternion (1,0,0,0)% "matrix"
• variantları w x y z normal eulerzxz eulerzyz vektor theta axisx axis axisz axisangle matrix
• ew xüsusiyyət - set celShadingPower:
• cel gölgelendirmesini gücləndirir
• tam dəyərlər
• default 10, qalın bir xəttdir
• 5 yaxşı bir xəttdir
• 0, kölgə salmağı dayandırır
• mənfi dəyər daxili gölgeləri aradan qaldırır - yalnız xülasə
• normal işıq mənbəyi (güc + 0) və ya istifadəçi (güc & lt; 0) əsasında piksel üzərində işləyir
• Normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• yeni funksiya: mmCIF oxu Jmol scripting konsolunda _citation.title hesabatları
• yeni xüsusiyyət: YALNIZ - SELECT {atomset} seçimini ən aza endirmək bütün digər atomları istisna edir
• yeni funksiya: azaldın {atomset} - gizli SELECT və yalnız
• yeni xüsusiyyət - "uzantılar" JSmol-da JS və SPT skriptlərindən ibarət olan kataloqlar:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• yeni xüsusiyyət: yük ... filter "ADDHYDROGENS & quot; - Yerli set pdbAddHydrogens yalnız bir yük əmri üçün
• yeni xüsusiyyət: müqayisə {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• yeni xüsusiyyət: list = compare ({atomset1} {atomset2} "SMILES" & quot; BONDS & quot;)
• yeni xüsusiyyət: JSON xxx.json yaz
• yeni xüsusiyyət: [# 210] JSON {"mol": ...} oxucu
• funksiyanı müəyyən hissəcikRadius:
• maksimum radius dəyərinin üzərində (16.0) atomlar üçün qlobal radius.
• standartlara 20.0
• yeni xüsusiyyət - CIF və PDB filtreleri "BYCHAIN" və "BYSYMOP" virus parçalanması üçün:
• zəncir başına ya da hər bir simvolu başına yalnız bir atom yaradır
• ölçüsü, məsələn, 16 Angstromdan daha böyük ölçülü ola bilər:
• hissəcik Radius 30;
• boşluq 30; // burada 16-dan yuxarı hər hansı bir ədəd hissəcikRadius əvəzinə
istifadə edir
• yeni xüsusiyyət: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
• yeni funksiya: symop () funksiyası PDB və mmCIF üçün biomolekulyar filtrdən simmetriyaya imkan verir
• yeni xüsusiyyət - isosurface SYMMETRY:
• simetriya operatorlarını isosurface
tətbiq edir
• daha effektiv göstərmə və yaradılması
• default seçim yalnız {symop = 1} yalnız
• default renklendirme, propertyColorScheme
əsasında simvolu rəngə aiddir
• Məsələn:
• 1stp filter "biomolecule 1" yüklə
yükləyin
• rəng mülkiyyəti symop
• isosurface sa qətnaməsi 0.8 simmetriya sasurface 0
• yeni xüsusiyyət - yeni atom əmlakı: chainNo:
• hər model üçün 1-dən ardıcıl olaraq;
• chainNo == 0 "zəncir yoxdur" deməkdir. və ya zəncir = ''
• yeni xüsusiyyət - yeni propertyColorScheme "dostluq":
• rəng körlük dostu rəng sxemi
• RCSD-də istifadə olunur
• yeni xüsusiyyət: JSpecView tamamilə Java-free; spektrlərin 2D nmr və PDF çapını ehtiva edir.
• yeni xüsusiyyət - PDF yaz & quot; xxx.pdf & quot; keyfiyyət & gt; 1 sorğu landşaft rejimi:
• effektiv xüsusi PDF yaradılması siniflərindən istifadə edir
• çox böyük olduqda uyğun ölçülü şəkil
• yeni funksiya: JSpecView JavaScript üçün PDF və 2D NMR əlavə edir
• yeni funksiya: yük "== xxx" FİLTRE "NOIDEAL" - "qeyri-yalnış" istifadə edərək PDB-dən kimyəvi komponent yükü;
dəstini əlaqələndirin
• bug fix: CD yazıldı; ChemDoodle formatlarını dəyişdi; yerinə JSON istifadə
• bug fix: PDB və CIF faylları PAU kimi yığımları böyük mənfi sayı
olaraq göstərdi
• bug fix: heç bir fırlanma olmadan sonsuz dövrə başlamaz
• bug fix: gecikmə problemi (-1)
• bug fix: JavaScript-də Chrome üçün fare sürücüsü
• bug fix: Dil dəyişiklikləri üçün JavaScript açılır menyusu düzəltmək
• bug fix: JavaScript əsas komponentləri işlənmir; Jmol._debugCode tanınmadı
• bug fix: biolomolecules üçün unitcell yanlış offset; mənşəyi baltalar üçün yanlışdır.
• bug fix: isosurface / mo FRONTONLY broken
• bug fix: dili lokallaşdırma JavaScript-də pozulmuş
• bug fix: ADF oxucu DIRAC-dən MO çıxışını oxumamışdır 201304052106 yaradın
• bug fix: Safari applet qəbul etməyi yerinə sarı Jmol info bildirir
• - tag olmalıdır
• bug fix: CIF oxucu düzgün işləməyən _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• - yük üçün yanlış atom təyin edildi = 3fsx.cif filter "MONTAJ 1"
• bug fix: [ChemDoodle ilə # 558 Uyumluluk sorunu] Number.toString ()
'in tanımlanmasında JSmol hatası
• bug fix: fare səsi düzgün işləmir
• bug fix: JavaScript J2S derleyici hatası int + = float to integer
• bug fix: JavaScript WEBGL seçimi pozuldu
• bug fix: JavaScript NMR Hesablama resurslarına daxil deyil
• bug fix: JavaScript stereo tətbiq edilmədi
• bug fix: çox modeli fayl üçün MOL oxucu düzeltmesi (yalnız 13.3.9_dev)
• bug fix: MOL oxucu yükü ilə yük APPEND - atom nömrələrini davam etmir
• bug fix: CIF modulyasiya oxucu hüceyrə dalğası vektorlarının xətti birləşmələrini oxumamışdır
• bug fix: "BIOMOLECULE 1" filtreli CIF oxu. yalnız şəxsiyyət əməliyyatı əgər uğursuz olarsa
• bug fix: mmCIF oxucu bütün _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression variantlarını oxumam
• bug fix: PDB CRYST giriş 1.0 1.0 1.0 90 90 90 "heç bir vahid hüceyrəsi" biolomolecule filterindən asılı olmayaraq
• Hata düzeltme: HEM kimi düz molekullara yaxşı uyğunlaşmayan isosurface plitəsi
• bug fix: çap userfunc () uğursuz ola bilər (userfunc () özü yaxşı)
• bug fix: C-alfa tək polimerlər üçün tətbiq olunmayan (helix) içərisində
• bug fix: yeni bir fayl yükləndiyi və ya zapped zaman _modelTitle yenilənməyib
• bug fix: {*} symop.all simmetriya operatorunu müvafiq olaraq təqdim etmir
• bug fix: URL'lərdə SMILES-də üçqat istiqraz üçün
• bug fix: build.xml itkin PDF yaradılması sinfi
• bug fix: yerli yeniləmə tətbiqindən sonra, yerli imzalanmış tətbiq üçün düzgün yol yoxlanışı əlavə edin
• bug fix: {xxx} .property_xx dövlətdə saxlanmayıb (broken 8/7/2013 rev 18518)
• bug fix: imzalanmış və imzalanmayan proqram JAR faylları üçün yeniləndi.
• bug fix: yazma işlemi başarısız
• bug fix: applet scriptWait () metodu pozulmuş
• bug fix: PyMOL sessiyası saxlanılan vəziyyətdən oxunduqdan sonra vahid hüceyrəni göstərə bilər
• bug fix: MMCIF oxucu çox montaj növləri üçün uğursuzdur
• bug fix: CIF oxucu "biyomolekül 1" "molekulyar" ifadəsinə tərcümə etmək; "montaj" deyil,
deyil
• səhv düzeltme: birdən çox fayl işləməyən trajectory yüklə
• bug fix: JS applet popup menyusu dil dəyişikliyinə düzgün bağlanmayıb
• bug fix: HTML onay qutusu atributu təyin edilmədi
• kodu: applet / appletjs kodunun yenidən işlənməsi; org.jmol.util.GenericApplet
• kodu: refleksləşdirmə, tamponlanmış oxuculara və tamponlanmış giriş axınlarının sadələşdirilməsi.
• kodu: JavaScript refactoring, daha yaxşı qurmaq _... xml
• kodu: JavaScript Integer, Uzun, Qisa, Byte, Float, Bütün cütlənmiş
• kodu: GT'nin ayrılığı ._
• kodu: Bütün lazımsız daxili sinifləri üst səviyyəyə refettored
• kodu: isolated util / ModulationSet istifadə edərək api / JmolModulationSet
• kodu - Bütün applet dilinin lokalizasiyası düz .po fayllarından oxunub:
• artıq JavaScript üçün
• tətbiq dilləri üçün sinfi faylları kompilyasiya etməyə ehtiyac yoxdur
• dil yoxdur .jar faylları
• yeni jsmol / idioma qovluğu həm Java, həm də HTML5 üçün .po faylları saxlayır
• kodu: daha sürətli izosurface göstərilməsi örtülü "frontonly" əlavə. seçin {xxx} YALNIZCA
ilə
• kodu: örtülü "isosurfacepropertySmoothing FALSE" ilə daha sürətli izosurface göstərilməsi. müvafiq (tamsaylı) hallarda
• kodu: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - URL.getContent () və Class.getResource () üçün bütün istinadları birləşdirir
• kodu: Javascript dəyişən adı atayla daxili sinif problemi ətrafında işləyəcək
• kodu: qiymətləndirmə üçün funksiya (JavaScript) işləməyiniz.
• kodu: mühitin oklüziya ilə sınaqdan keçirilməsi
• kodu: Java Ju51 (yanvar, 2014) üçün tələb olunan manifestlər əlavə edilib.
• kodu: JmolOutputChannel javajs.util.OutputChannel-ə köçürüldü
• kodu: jsmol.php " SaveFile metodunda
• kodu: ayrıştırıcıyı javajs.util
'e refactoring
• kodu: DSSP org.jmol.dssx ünvanına köçürülüb, JSmol bio yükünü 20K ilə azaldır
• kodu: iText paketi, mənim öz PDF yaradıcım yazdığımda, artıq heç bir yerdə qalmadı

Koşullar :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment
22 Jun 18 Ilə Təhsil və elm software, Bioinformatika