DendroPy

Bu ağac və xarakter matrisleri kimi filogenetik data ilə işləmək üçün dərsləri və funksiyaları təmin edir.
O, həmçinin belə NEXUS, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, və s kimi standart filogenetik data format, bir sıra oxu və məlumatların yazılı dəstəkləyir ..
Bundan əlavə, bəzi faydalı filogenetik hesablamaların həyata keçirilməsi üçün scripts phylogenetic ağac posterior nümunə tərəfindən verilən olur və ya clades dəstək ümumiləşdirir belə SumTrees kimi kitabxana, bir hissəsi kimi paylanır.
Download paketi sənədləri və tutorial faylları var uzadıla olunur

Bu azad Yeni nədir. Metadata üçün

• Yeni infrastruktur notları:. AnnotationSet və Annotasiya
• NeXML 0.9 metadata təhlil və yazı tam dəstək.
• get_from_url () və read_from_url () metodları indi URL nin filogenetik məlumatların oxumaq üçün imkan verir.
• Added GBIF əlaqəni modulu (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

versiyası 3.12.2 yeni nədir:

• metadata notları Yeni infrastruktur: AnnotationSet və Annotasiya.
• NeXML 0.9 metadata təhlil və yazı tam dəstək.
• get_from_url () və read_from_url () metodları indi URL nin filogenetik məlumatların oxumaq üçün imkan verir.
• Added GBIF əlaqəni modulu (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

nədir versiyası 3.11.0 Yeni

• arasında filial yazıları concatenation üçün yeni proqram script neçə giriş ağaclar. sumlabels.py
• Yeni əlaqəni sinif dendropy.interop.seqgen.SeqGen. Seq Yar üçün banderol kitabxana inteqrasiya
• Yeni əlaqəni funksiyası dendropy.interop.muscle.muscle_align (). MUSCLE alignment üçün banderol
• Yeni əlaqəni sinif dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner. RAxML üçün banderol
• prune_taxa () metodu CharacterMatrix əlavə edib.
• Math modulları öz subpackage köçürülüb. Dendropy.mathlib
• matrix və vektor hesablamalarında üçün yeni modul. Dendropy.mathlib.linearalg
• statistik məsafə hesablanması üçün yeni modul. Dendropy.mathlib.distance
• Mahalanobis məsafə hesablanması dendropy.mathlib.distance funksiyaları Ailə:. Squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, mahalanobis, mahalanobis_1d

nədir versiyası 3.9.0 Yeni

• New Features:
• filogenetik müstəqil ziddiyyət (PIC) təhlili indi dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts sinif istifadə edərək həyata keçirilə bilər.

Simulyasiya
• Sadələşdirilmiş olan coalescent (növ ağac gen ağac).
• Bu dəyişiklikləri:
• as_string üçün Açar söz dəlillər (), write_to_path (), write_to_file və s üsulları NEXUS və Newick formatları üçün daha ardıcıl olmaq üçün tweaked edilmişdir. Əvvəlki açar sözlər hələ də dəstəklənir, lakin deprecated olacaq. Əmlak: dəstəklənən söz dəlilləri yeni dəsti görülə bilər NEXUS və Newick yazı özelleştirme & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; bölmə.
• NEXUS və Newick indi taxon yazıları-hissiz halda default format; hal-həssaslıq False case_insensitive_taxon_labels = göstərir.
• Bug giderir:
• interleaved xarakter Oxu atlanır (NEXUS) olan aşağıdakı blok artıq nəticələr matrisinin.
• xülasə statistikası hesablanması zamanı OverflowError tutuldu.

nədir versiyası 3.8.0 Yeni

• Tree obyekti orta nöqtəsində rerooted bilər (bax: Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Ek Notlar (yəni idi & quot var Tree, Node və ya Edge obyektlərin atributları; annotasiya yazmaq () & quot; onları adlanır) indi metadata yapılan yorumlar yazılı bilər (quot & [& sahəsində = dəyər] & quot;) yazılı NEXUS söz dəlil annotations_as_comments istifadə olunur, əgər / Newick format.
• NEXUS oxu / Newick format ağacları, metadata şərh nəticələnəcək = True extract_comment_metadata ifadə düymələri sahədə dəyərlər olan fieldnames və dəyərləri olan, lüğət çıxardı olunur.

NEXUS format data oxuyarkən
• blokları emal və xarakter dəstləri müvafiq CharacterDataMatrix daxil ayrıştırılan olacaq edir.
• Character dəstləri: yeni CharacterDataMatrix obyektləri kimi ixrac edilə bilər, və s / / qeyd manipulyasiya edilə (məsələn, Nexus həyata ayrıştırılan blokları dəstləri, yuxarıda bax). independentally.
• NEXUS ya Newick formatlarda yazarkən, write_item_comments söz dəlil (doğru və ya yalan) ağac qovşaqlarının ilə bağlı uzadıla şərhlər yazılı və ya olunacaq olub nəzarət edə bilərsiniz.
• TopologyCounter sinif dendropy.treesum əlavə. Topology tezliklərin izleme üçün imkan verir
• treesplits.tree_from_splits () olur bir sıra (topology yalnız) ağac tikintisini imkan verir.
• 'dendropy.treemanip' olmaq üçün istifadə edilən ən funksionallığı indi dendropy.Tree sinif doğma üsulları kimi köç edilmişdir. "Dendropy.treemanip" deprecated olacaq.
• ağaclar indi daranmış aradan qaldırılması və ya (əvvəllər üsulları yalnız Taxon obyektlərin siyahıları qəbul edirəm) saxlamaq üçün taxa yazıları siyahısı əsasında edilə bilər.

nədir versiyası 3.7.1 Yeni

• New Features:
• 'Ümumi Nümunə yanaşma "həyata keçirilməsi (Hartman et al 2010:... Evolutionary Modellər nümunə ağaclar; Syst Biol 49, 465-476). Doğum-ölüm model ağac imitasiya üsulu
• Bu dəyişiklikləri:

Bir ehtimalı funksiyaları üçün
• Doğru / ardıcıl adları.
• Bug giderir:
• SumTrees "-e / istifadə edərkən çıxış faylının yadda təsdiq Bug - split-kənarları. Seçimi

"Taxa_block" üçün
• Qədim və grizzled yarı daşlaşmış arayış "taxon_set" üçün düzəldilir.

versiyası 3.7.0 yeni nədir.

• BSD tərzi lisenziya köç

versiyası 3.6.1 Yeni nədir:

• altında SumTrees indi (serial rejimində) çalışır older Python versiyasını (yəni & # x3c; 2.6).
• Python 2.4.x ilə uyğunluğu üçün giderir.

versiyası 3.5.0 yeni nədir:

• Əlavə ladderize () metodu, qovşaqlarının sifariş artan (default) və ya azalan (ladderize (sağda = True)) üçün.
• Added & quot; heyvan-summary-tree & quot; şeması dəqiqləşdirilməsi BEAST not konsensus ağac emal.
• NCBI verilənlər bazası ilə əlaqə üçün yeni modul Added:. Dendropy.interop.ncbi

versiyası 3.4 yeni nədir:..

• hediye ez_setup.py son versiyası yeniləndi

tələblər

• Python 2.4 3.0