Open Babel

Open Babel açıq mənbə xüsusi kimyəvi məlumatların çoxsaylı dil tanımaq üçün engineering bir kimyəvi qutusu kimi çıxış etmək üçün nəzərdə tutulmuşdur əməkdaşlıq, azad və multiplatform kitabxana proqramdır. Bu, sadəcə dublyaj & ldquo edir; Açıq Kimya Toolbar & rdquo;. Bir glanceWith Open Babel Features, istifadəçilər axtarış təhlil çevirmək edə və kimya, molekulyar modelləşdirmə, biokimya, eləcə də digər sahələrdə məlumatların edəcək. Bu Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, smiles və KML, o cümlədən ümumi kimyəvi fayl formatları, geniş dəstəkləyir.
Bundan əlavə, açıq Babel, tam özellikli proqramçı Toolbar, kimya MIME dəstək verir matcher, çevik atom / bond Daktilograf, hidrogen silinməsi və əlavə, bitvector sinif, matrix və vektor dəyişikliklər, eləcə də molekulyar test suite.Under kimi başlıq və SMARTS dəstək fəaliyyət systemsOpen Babel C ++ proqramlaşdırma dili tamamilə yazılmışdır. Bu & rsquo; GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows və Mac OS X əməliyyat sistemi dəstəkləyir sa doğru cross-platform proqram. Həm də 32-bit və 64-bit kompüter rəsmi this.Getting bütün açıq BabelFirst ilə başlayan yazı zamanı dəstəklənir, biz default proqram depolar-pre inşa ikili paketləri istifadə edərək, Open Babel yüklemek üçün gəlir sizin Linux. Sizin GNU / Linux sistemi & rsquo doesn olduqda; Softoware təmin arxiv universal mənbələrindən istifadə proqram tərtib və quraşdırma lazımdır, t sonra & rsquo, onun repo Açıq Babel proqram var.
, Tarball (tar.gz arxiv) Download seçdiyiniz bir yeri çıxarış, bir terminal emulator açıq hasil qovluğunda gedin və & ldquo icra;. CMake & rdquo; (tırnak işaretleri olmadan) əmr layihəsi konfiqurasiya. Daha sonra, & ldquo run lazımdır; etmək & rdquo; komanda, tırnak işaretleri olmadan, əlbəttə, onu tərtib etmək. .

əvvəlində yuxarıda təlimatları üçün əməliyyat sistemi yüklü CMake alət

Bu azad Yeni nədir əmin olun

• Bu azad böyük bug-fix azad edir və güclü Açıq Babel bütün istifadəçilər üçün tövsiyə sabit yenilənməsi olmalıdır. Bir çox hataları və aksesuarların 2.3.0 azad ildən ötən il əlavə edilmişdir.

nədir versiya 2.2.2-ci Yeni

• Bu azad böyük bug-fix azad edir və güclü Açıq Babel bütün istifadəçilər üçün tövsiyə sabit yenilənməsi edir. Bir çox yeni funksiyalar bir çox qəzaları və digər hataları ola bilər baxmayaraq 2.2.1-ci ildən müəyyən edilmişdir.
• standart Inchi və InChIKey çıxış istehsal üçün yeni Inchi 1,02 azad Yükseltildi.
• Smiles yazı / oxuyarkən çox stereokimyası səhvlər Sabit. Bu 2.3 azad başa çatacaq bir böyük layihənin bir hissəsidir.

Cygwin və MinGW platformalarında
• Sabit yığma və quraşdırma.
• Xeyli təkmilləşdirilmişdir Aromaticity və Kekule bond təyin.
• Təkmilləşdirilmiş 2D - & gt; Nəsil koordinasiya 3D
• --gen3d command-line əməliyyat istifadə nəsil koordinat Təkmilləşdirilmiş

Nəsil əlaqələndirmək üçün
• Təkmilləşdirilmiş performans.

Babil üçün
• Yeni --fillUC command-line əməliyyat.

PH asılı hidrogen əlavə giderir
• .
• Molden, Molpro və NWChem çıxış faylları rəqsi məlumatları oxumaq üçün dəstək Added.
• Son nəzəri hesablamalar Yenilənib atom radii.
• Sabit bug zaman gzip-sıxılmış Mol2 və ya XML faylları oxumaq.

Bir səhv sonra
• Close faylları. Faylları açıq qalacağını Pybel ilə bir səhv giderir.
• Daha çox hata düzeltmelerini və kiçik xüsusiyyət təkmilləşdirilməsi. == Yeni Faylın formatlar == Import & Export:
• Molpro giriş və çıxış.
• VASP koordinasiya faylları (CONTCAR və POSCAR).

nədir versiya 2.2.1-ci Yeni

• Python 3 dəstək, o cümlədən Təkmilləşdirilmiş scripting interfeys, və təkmilləşdirilmiş Java və C # dəstək.
• MACCS barmaq üçün əlavə dəstək. RDKit Layihə sayəsində.

Güc sahəsində kod
• Bir çox giderir və aksesuarların. Xüsusilə, UFF güc sahəsində həyata keçirilməsi daha çox molekulların idarə lazımdır.
• 3D xüsusilə ring fraqmentləri ilə, nəsil əlaqələndirmək yaxşılaşmışdır. Bu obgen kommunal bir cəhd verə bilər.
• atom növləri ilə PDB idxal səhvlər bir sıra Sabit.

PQR fayl formatları ittihamlar və radii oxumaq üçün
• dəstək Added.
• PDB format oxu və yazı vahid hüceyrələri üçün dəstək əlavə edib.
• New & quot; çıxdı & quot; ümumi & quot görülməsi üçün fayl format; Out & quot ;, & quot; Log & quot ;, və & quot; Dat & quot; faylları və məzmunu əsasında müvafiq fayl növü ilə oxu. Hal-hazırda kvant kimya paketləri üçün çox yaxşı işləyir.
• təkmilləşdirilmiş səhv rəftar və fayl formatları yüklemek üçün zaman iqtidarında hesabat əlavə edib.
• Təkmilləşdirilmiş CIF fayl format dəstəyi.
• çox, çox, çox əlavə hata düzeltmelerini və kiçik aksesuarları.