snakemake

etmək kimi sistemləri qurmaq tez-tez, məsələn, mürəkkəb axınları yaratmaq üçün istifadə olunur . bioinformatika & nbsp edir; snakemake birlikdə sürətli və rahat icra ətraf mühit ilə, python üslubunda təmiz və müasir domain xüsusi dəqiqləşdirilməsi dili (DSL) təmin etməklə yaradılması axınları mürəkkəbliyi azaltmaq məqsədi daşıyır.
Quraşdırma
- Ubuntu 12.04-də, bizim launchpad deposu mövcud Debian paketi python3-snakemake quraşdıra bilərsiniz.
- Digər sistemləri, siz Python> = 3.2 işçi quraşdırılması lazımdır. Sistem asılı olaraq, sonra easy_install snakemake və ya command line easy_install3 snakemake ya verilməsi ilə snakemake quraşdıra bilərsiniz. Siz administrator güzəşt- yoxsa, easy_install dəlil İstifadəçi nəzər.
- Nəhayət, snakemake əl pypi mənbə kodu arxivi indirerek quraşdırıla bilər.
istifadə
Snakemake bir neçə sonrakı addımlar faylları yaratmaq axınları təsvir etmək üçün sadə DSL təklif edir:
nümunələri = ["01", "02"]
# Isteğe iş görülməlidir bir kataloq müəyyən edir.
workdir: "yol / və / workdir"
# Etmək build hədəfləri kimi çıxış dummy qaydalarını müəyyən oxşar.
bütün idarə:
& Nbsp; input "diffexpr.tsv", ...
ümumiləşdirmək qayda:
& Nbsp; input: nümunələri s "{nümunə} .mapped.bam" .format (nümunə = s)
& Nbsp; çıxdı: "diffexpr.tsv"
& Nbsp; çalıştırın:
& Nbsp; # ... Giriş faylları çıxış istehsal üçün bir python kodu təmin
& Nbsp; # e.g. indeksi daxil giriş faylları
& Nbsp; input [1]
& Nbsp; # giriş wildcard dəyərlər
& Nbsp; wildcards.sample
& Nbsp; # asanlıqla birbaşa çıxışı olan isə avtomatik olaraq default shell istifadə shell əmrləri run
& Nbsp; format minilanguage vasitəsilə bütün yerli və qlobal dəyişənlər #
& Nbsp; mövzuları = 6
& Nbsp; shell ("somecommand --threads {mövzuları} {input [0]} {çıxış [0]}")
map_reads qayda:
& Nbsp; # giriş və çıxış faylları üçün adları təyin
& Nbsp; input: = "{nümunə} .fastq", hg19 = "hg19.fasta" deyilir
& Nbsp; # mark çıxış faylları yazmaq qorunan yaradılması sonra olmaq
& Nbsp; çıxışı: eşlenen = qorunan ("{nümunə} .mapped.sai")
& Nbsp; # İsteğe yerinə qayda icrası barədə ümumi qayda təsviri göstərilir mesajları müəyyən:
& Nbsp; mesaj: "Xəritəçəkmə oxuyur {input.hg19}"
& Nbsp; mövzuları: 8
& Nbsp; shell:
& Nbsp; python syntax lazım deyil, əgər # birbaşa (çox və ya bir line simli) shell əmrləri təmin edir.
& Nbsp; # yenə qlobal və yerli dəyişənlərin format minilanguage vasitəsilə əldə edilə bilər.
& Nbsp; # Bundan başqa, qayda istifadə mövzuları sayı müəyyən edilə bilər. snakemake Scheduler kifayət qədər özəyi -J command line seçimi ilə təqdim edilir, əgər qayda mövzuları müəyyən sıra ilə idarə olunur ki, təmin edir.
& Nbsp; "" "
& Nbsp; bwa ALN -t {mövzuları} {input.hg19} {input.reads}> {output.mapped}
& Nbsp; bir --other --command
& Nbsp; "" "
Belə bir sintaksis ilə "Snakefile" nəzərə alaraq, iş issueing (məsələn 6 paralel proseslərə istifadə edərək) icra edilə bilər:
& Nbsp; snakemake -j6 s Snakefile
Daha ətraflı məlumat üçün Tutorial baxın

Features:.