AREM

AREM bir (çip-Seq data Model Based təhlili) Macs əsaslanır.
Xromatin immuno- yağıntı (çip-Seq) coupled yüksək ötürücülük sıralama geniş genomu-geniş transkripsiyası amillər cofactors, Xromatin modifikatorların, və digər DNT məcburi zülal məcburi nümunələri xarakterizə istifadə olunur. Çip-Seq analiz əsas addım istinad genomu qısa yüksək ötürücülük sıralama oxuyur xəritə və qısa oxuyur ilə zənginləşdirilmiş pik bölgələri müəyyən etməkdir.
Bir neçə üsulları çip-Seq təhlili üçün təklif baxmayaraq, ən keçmiş isting üsulları yalnız hesab benzersiz istinad genomu yerləşdirilə bilər oxuyan və bu səbəblə zirvələri təkrar ardıcıllığı ərzində məmiş Vayn aşkarlanması üçün aşağı güc var. Burada bütün istifadə məcburi nümunələri həqiqətən genomu-geniş görünüşü təmin deyilir çip-Seq məlumatların təhlili üçün bir ehtimal yanaşma təqdim edir.
Zənginləşdirilmiş rayon və bir null genom fon K müvafiq qarışıq model istifadə modellenmiştir olunur Oxucu. Biz zənginləşdirilmiş regionların yerlərdə qiymətləndirmək, və hər alignment ehtimallar müxtəlif genom yerlərdə oxumaq yeniləmə, AREM adlı gözləməsi-maksimuma çatdırılması (EM) əl gorithm, həyata keçirilməsi üçün maksimum ehtimalını istifadə edin.
Əlavə məlumat üçün RECOMB 2011-ci ildə bizim kağız və ya bizim veb səhifəsinə müraciət edin: http://cbcl.ics.uci.edu/AREM
Aşağıda göstərildiyi kimi AREM məşhur MACS pik zəng əsaslanır:
Sequencing texnika təkmilləşdirilməsi ilə Xromatin immunoprecipitation yüksək ötürücülük sıralama izlədi (çip-Seq) genomu-geniş protein-DNA qarşılıqlı öyrənilməsi məşhur olur. Güclü chip-Seq analiz metodu olmaması üçün, biz məcburi saytlar transcript amil müəyyən edilməsi üçün çip-Seq (Mac) Model-based Analysis adlı bir roman alqoritm təqdim edir.
MACS zənginləşdirilmiş çip regionlarının əhəmiyyətini qiymətləndirmək üçün genomu mürəkkəb təsiri edər və MACS sequencing tag mövqe və istiqamətləndirmə həm də informasiya birləşən vasitəsilə saytlar məcburi məkan qətnamə yaxşılaşdırır. . MACS asanlıqla tək çip-Seq məlumat üçün istifadə və ya spesifikliyi artması ilə nəzarət nümunəsi ilə edilə bilər

tələblər

• Python