BioJava

Bu ümumi fayl formatları üçün analitik və statistik routines, parsers təmin edir və ardıcıllığı və 3D strukturlarının manipulyasiya.

BioJava bioinformatika dünyada Java imkanları tədqiq üçün bir vasitədir

Bu azad yeni nədir.

• ardıcıl səhv giriş. SLF4J giriş üçün istifadə və bütün əsas giriş aparmaq üçün adapterləri təmin edir.

Istisnalar
• Təkmilləşdirilmiş rəftar.
• silindi deprecated üsulları.
• BioJava tutorial genişlənmişdir.
• Yenilənib asılılıqları tətbiq.

Maven Mərkəzi Available
• .

versiyası 4.0.0 yeni nədir:

• ardıcıl səhv giriş. SLF4J giriş üçün istifadə və bütün əsas giriş aparmaq üçün adapterləri təmin edir.

Istisnalar
• Təkmilləşdirilmiş rəftar.
• silindi deprecated üsulları.
• BioJava tutorial genişlənmişdir.
• Yenilənib asılılıqları tətbiq.

Maven Mərkəzi Available
• .

nədir versiyası 3.1.0 Yeni

• New Features:
• əlavə parametrləri ilə CE-CP version 1.4,
• əhatə dairəsi 2.04 Update
• təhlil FASTQ təkmilləşdirilməsi

Təhlil PDB da
• Fix hataları
• strukturu alignments Kiçik giderir

versiyası 3.0.8 yeni nədir:

• Yeni:
• Genbank yazıçı
• UCSC olan Karyotype fayl üçün Parser
• UCSC olan Gene yerler üçün Parser
• Gene adları Parser genenames.org faylı
• sağ təhlili üçün Cox reqressiya kodu Modulu
• əlçatan səthinin sahəsi hesablanması (ASA)
• .OBO faylları təhlil üçün Modulu (ontologies)
• Təkmilləşdirilmiş:
• SCOP və Berkeley-SCOP təsnifatlar üzrə nümayəndəliyi

versiyası 3.0.7 yeni nədir:

• əsas Genbank parser Əlavə
.
N codons çevirərkən
• bir problem Sabit.
• İndi zülal strukturlarında istiqrazlar çıxarmaq olar.
• orqanizmin və ifadə sistemi üçün mmcif qeydlər analiz dəstək Added.
• Bir çox kiçik hata düzeltmelerini və təkmilləşdirilməsi.

versiyası 3.0.6 yeni nədir:

• İnkişaf GitHub köçürülüb: https: // github.com/biojava/biojava

versiyası 3.0.5 yeni nədir.

• CATH təsnifatı Yeni parser
• Stockholm formatında Yeni parser.
• zülal strukturlarının bioloji iclaslar Xeyli təkmilləşdirilmişdir nümayəndəliyi. İndi asimmetrik vahid bioloji toplaşmaq yenidən yarada bilərsiniz.
• Bir neçə hata düzeltmelerini.

Versiya 3.0.4 Yeni nədir:

Bu da məsələləri əsasən bir səhv fix azad

• edir protein strukturu və bozukluğu modulları.
• One Yeni xüsusiyyət:. SCOP data indi ya Böyük Britaniya və ya Berkeley versiyası orijinal SCOP saytdan əldə edilə bilər

versiyası 3.0.3 yeni nədir:

• web service modulu əhəmiyyətli irəliləyişlər (NCBI partlayış və HMMER web services).
• & quot; New & quot; (3 versiyasını biojava 1 sıra idxal) fastq parser.
• UniProt Xəritəçəkmə sifts-PDB üçün dəstək.
• Protmod modulu modfinder ilə dəyişdirilib.

versiyası 3.0.2 yeni nədir:

• protein quruluşu: protein domenlərin təkmilləşdirilmiş user: İndi SCOP dəstəkləyir. Zülal Domain Ayrıştırıcısı əsasında protein domenlərin avtomatlaşdırılmış proqnozlaşdırılması üçün yeni funksiyalar.
• bir sıra digər modulları Kiçik irəliləyişlər və hata düzeltmelerini.
• biojava3-aa-dayaq: Bu yeni modul fiziki kimyəvi və protein ardıcıllığı digər xüsusiyyətləri hesablanması imkan verir
.
• biojava3-protein-bozukluğu: zülal nasaz rayonlarında proqnozlaşdırılması üçün yeni modul. RONN tahmin bir Java həyata keçirilməsi əsasında Bu.

nədir versiyası 3.0.1 Yeni

• 3.0.1 azad əsasən bug fix biojava kodu bazasının əsas rewrite təqdim azad son 3.0 üçün buraxın.

tələblər

• Java 1.6 və ya daha