reciprocal_smallest_distance

reciprocal_smallest_distance qlobal ardıcıllıqla alignment və ardıcıllığı arasında maksimum ehtimalı təkamül məsafə dəqiq genofondunun arasında orthologs algılar üçün istifadə pairwise orthology alqoritm edir.
bir tarball From quraşdırılması
Download və github ən son versiyası untar:
cd ~
curl -L https://github.com/downloads/todddeluca/reciprocal_smallest_distance/reciprocal_smallest_distance-VERSION.tar.gz | Tar XVZ
Python 2.7 istifadə etmək üçün əmin edilməsi, reciprocal_smallest_distance bərpa edin:
cd reciprocal_smallest_distance-VERSION
python bərpa setup.py
Othologs tap RSD istifadə
Aşağıdakı misal əmrləri rsd_search çalıştırmak üçün əsas yolları nümayiş etdirir. Rsd_search hər sehr iki genofondunun üçün FASTA biçimlendirilmiş ardıcıllığı fayl yerini ifadə tələb sorğu və fənn genofondunun çağırıb. Onların qərar qanunsuz, ancaq --ids seçimi istifadə əgər, kimlikleri sorğu genomu gəlməlidir. Siz həmçinin RSD alqoritm tərəfindən aşkar orthologs nəticələri yazmaq üçün bir fayl daxil olmalıdır. Çıxış faylının format satır başına bir ortholog ehtiva edir. Hər bir line ardıcıllığı arasında (codeml ilə hesablanmışdır) sorğu ardıcıllıqla id mövzu ardıcıllığı id, və məsafə var. Siz isteğe --ids et istifadə edərək, kimlikleri olan bir fayl daxil edə bilərsiniz. Sonra RSD yalnız kimlikleri üçün orthologs üçün axtarış edəcək. --divergence Və --evalue istifadə edərək, siz yetirilməməsi müxtəlif hədləri istifadə seçimi var.
Rsd_search, rsd_blast, və ya rsd_format çalıştırmak üçün necə yardım alın:
rsd_search h
rsd_blast h
rsd_format h
Default fikir ayrılığı və evalue hədləri istifadə edərək, sorğu və mövzu genofondunun bütün ardıcıllığı arasında orthologs tap
rsd_search q misal / genofondunun / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-genomu = nümunələri / genofondunun / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa_0.8_1e-5.orthologs.txt
Bir neçə qeyri-default fikir ayrılığı və evalue astanalar istifadə orthologs tap
rsd_search q misal / genofondunun / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-genomu = nümunələri / genofondunun / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
-o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa.several.orthologs.txt
--de 0.2 1e-20 --de .5 0.00001 --de 0.8 0.1
Bu partladılması üçün bir FASTA fayl format və ya rsd_search sizin üçün, çünki partladılması edib hesablamaq lazım deyil.
Siz xüsusilə böyük genofondunun toplanması, eyni genofondunun üçün rsd_search neçə dəfə çalışan planlaşdırırıq əgər Lakin, Zahid edib precomputing üçün FASTA faylları və rsd_blast preformatting üçün rsd_format istifadə edərək, zaman saxlaya bilərsiniz. Rsd_blast çalışan zaman, rsd_search vermək niyyətində ən böyük evalue ərəfəsində kimi böyük bir --evalue istifadə etmək üçün əmin olun.
Burada yerdə FASTA faylları bir cüt format necə:
rsd_format g misal / genofondunun / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
rsd_format g misal / genofondunun / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
Və burada, FASTA faylları format (bu halda cari kataloq) başqa bir kataloq nəticələri qoyulması üçün necə
rsd_format g misal / genofondunun / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa d.
rsd_format g misal / genofondunun / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa d.
Burada irəli hesablamaq və partlayış Xit (default evalue istifadə edərək,) geri necə:
rsd_blast -v q misal / genofondunun / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-genomu = nümunələri / genofondunun / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
--forward-Xit q_s.hits --reverse-Xit s_q.hits
Burada irəli hesablamaq üçün necə və əks partlayış artıq partlayış üçün biçimlendirilmiş edilmiş genofondunun və qeyri-default evalue istifadə edərək, rsd_search üçün Xit
rsd_blast -v q Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-genomu = Mycobacterium_leprae.aa
--forward-Xit q_s.hits --reverse-Xit s_q.hits
0.1 --evalue Heç bir format
Artıq partlayış üçün biçimlendirilmiş edilmişdir ki, bütün sorğu ardıcıllığı və genofondunun istifadə mövzu genofondunun arasında orthologs tap
rsd_search q Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-genomu = Mycobacterium_leprae.aa
o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa_0.8_1e-5.orthologs.txt
Heç bir format
Bütün sorğu ardıcıllığı və artıq hesablanır edilmişdir Xit istifadə mövzu genofondunun arasında orthologs tapın. Partlayış Xit artıq hesablanır ildən etibarən genofondunun partlayış üçün biçimlendirilmiş etmək lazım deyil, çünki Heç bir format daxil edilir ki, görürsünüz.
rsd_search -v --query-genomu Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-genomu = Mycobacterium_leprae.aa
-o Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa.default.orthologs.txt
--forward-Xit q_s.hits --reverse-Xit s_q.hits Heç bir format
Sorğu genomu xüsusi ardıcıllığı üçün orthologs tapın. Hesablama sürətləndirmək bilər Heç bir-partlayış-cache istifadə edərək, yalnız bir neçə ardıcıllığı üçün orthologs tapmaq üçün. YMMV.
rsd_search q misal / genofondunun / Mycoplasma_genitalium.aa / Mycoplasma_genitalium.aa
--subject-genomu = nümunələri / genofondunun / Mycobacterium_leprae.aa / Mycobacterium_leprae.aa
-Ç nümunələri / Mycoplasma_genitalium.aa_Mycobacterium_leprae.aa_0.8_1e-5.orthologs.txt
misal / Mycoplasma_genitalium.aa.ids.txt Heç bir-partlayış-cache --ids
Çıxış formatlar
Orthologs rsd_search bir --outfmt et istifadə edərək, bir neçə müxtəlif formatlarda xilas ola bilər. default format, -1 --outfmt, Uniprot dat faylları ilham 3. --outfmt aiddir, orthologs bir sıra sonra son xətt var, sonra parametrləri xətti ilə başlayır 0 və ya daha ortholog xətləri var. parametes sorğu genomu adı, mövzu genomu adı, fikir ayrılığı ərəfəsində və evalue ərəfəsində var. Hər ortholog sorğu ardıcıllığı id mövzu ardıcıllığı id və maksimum ehtimalı məsafə qiymətləndirilməsi listing bir xətt var. Bu format heç bir orthologs ilə parametrləri bir fayl parametrləri çox dəstləri üçün orthologs, eləcə də müəyyən təmsil edə bilər. Çox fikir ayrılığı və evalue astanalar ifadə edərkən Ona görə də rsd_search ilə istifadə üçün uygundur.
Burada heç orthologs olan biri 2 parametri birləşməsi olan bir nümunəsidir:
PA tLACJO tYEAS7 t0.2 t1e-15
VƏ YA tQ74IU0 tA6ZM40 t1.7016
VƏ YA tQ74K17 tA6ZKK5 t0.8215
//
PA tMYCGE tMYCHP t0.2 t1e-15
//
RSD orijinal format, 1 --outfmt, geri uyğunluğu üçün nəzərdə tutulmuşdur. Hər bir mövzu ardıcıllığı id, sorğu ardıcıllıqla id və maksimum ehtimalı məsafə smeta kimi təmsil bir ortholog ehtiva edir. Bu, yalnız bir fayl orthologs bir sıra təmsil edə bilər.
Misal:
A6ZM40 tQ74IU0 t1.7016
A6ZKK5 tQ74K17 t0.8215
Həmçinin geri uyğunluğu üçün nəzərdə tutulmuş sorğu ardıcıllıqla id sütun istisna olmaqla orijinal RSD format kimi Roundup məcburi istifadə olunan format (http://roundup.hms.harvard.edu/), mövzu ardıcıllığı id əvvəl edir.
Misal:
Q74IU0 tA6ZM40 t1.7016
Q74K17 tA6ZKK5 t0.8215

tələblər

• Python
• NCBI Blast 2.2.24
• PAML 4.4
• Kalign 2.04